一、財務會計檔案管理中存在的問題
（一）相關制度不夠完善。從實際情況看，很多醫院沒有對財會檔案相關管理工作加以重視，檔案資料收集方面並不全面，很多醫院僅僅對專業資料相關整理與存檔工作進行關注，而沒有關注電算化備份工作以及歸檔工作，使檔案缺少聯絡與整體性。相關管理制度沒有實現規範化。財務會計檔案和其他檔案資料有著明顯的區別，它是為了後期工作時將經濟活動相關歷史反映出來，從而給後期決策工作提供良好的借鑑。可是從當前情況看，很多醫院財會檔案管理的相關工作人員沒有接受過專業的培訓，一般是由兼職人員來負責。另外，檔案鑑定以及銷燬工作也得不到重視，對檔案管理的質量以及效果都造成了一定的影響，最終對醫院經濟效益以及健康發展造成了嚴重影響。
（二）責任分配存在問題。在醫院中，財務會計的種類比較多，內容也比較豐富，量比較大。比如，會計憑證以及會計賬簿等。為了對財務檔案進行有效管理，確保其質量，都對分工進行了細化，對專案進行分類管理。這樣雖然在一定程度上使得工作具有便利性，可是卻沒有對責任分配加以明確。在管理工作中，工作人員推卸責任，檔案部門以及財務部門沒有對工作進行系統劃分，導致檔案管理工作比較困難，對檔案管理效率造成了嚴重影響。
（三）相關管理人員素質比較差。從當前情況看，在醫院很多財會檔案相關管理人員未接受過專業教育，導致其管理能力比較差，在工作過程中容易出現紕漏，最終給檔案管理工作造成影響。
二、加強財務會計檔案管理的相應措施
（一）提高檔案管理意識。為了保證醫院財會檔案相關管理水平，一定要提升管理意識。首先，領導層要對財會檔案對於醫院的重要影響有一個正確的意識，提升檔案管理的意識，將財會檔案當作財務管理工作中的一個重要內容。另外，檔案管理人員自己也要提高檔案意識，檔案管理人員的任務並不只是對檔案進行管理，還要對醫院中的財務工作進行監督，要具有主人翁意識，做好財會檔案相關管理工作，對財會檔案進行嚴格稽核以及鑑定，充分發揮其作用。
（二）對相關管理制度進行完善。當前，社會處於不斷髮展之中，從財會檔案相關管理工作的具體情況看，要對相關管理制度進行完善，確保其具有系統性和完整性，與醫院具體情況相符，不斷對其進行強化，確保制度的成熟。工作人員要按照相關制度以及法律法規進行操作，承擔自己的責任，在工作中端正態度。另外，還要確保將管理責任落實到每個人以及每個崗位，對分工進行明確，確保賞罰分明，從而保證各個部門都能有良好的工作質量以及工作效率。
（三）保證檔案管理工作的資訊化和現代化。當前，我們已經進入資訊時代，社會不斷髮展，時代不斷進步，資訊化的實現促進了社會的進步以及生產力的提升。時代的發展要求醫院的'財會檔案相關管理工作實現資訊化，同時這也是醫院管理水平加以衡量的一個重要標誌。對醫院的財會檔案實現資訊化建設，並不只是單純投入和負擔經濟資源，財會檔案同時還是經濟主體的一個重要資源，需要發現其中的問題並進行解決，從而給醫院的決策工作提供有效依據，最終給醫院帶來社會價值以及經濟價值。對財會檔案以及資料進行充分挖掘並進行科學利用，能夠獲得較大的成果。由於時代是不斷進步的，因此，要堅持與時俱進的原則，對醫院的財會檔案進行有效管理與發展，確保檔案管理工作實現現代化以及資訊化。這就給相關管理人員帶來了一定的挑戰，同時也給醫院發展帶來機遇，對財會檔案進行資訊化管理，能夠創造條件，確保管理工作的科學化以及專業化與規範化。
（四）對相關工作人員加強培訓。在很多醫院，財會檔案相關管理人員一般都屬於兼職人員，其專業知識比較少，導致工作效率比較低，給醫院財會檔案管理造成了影響。所以，醫院要定期對相關管理人員進行專業培訓，並就檔案管理的相關法規以及電算化知識進行培訓，做好交流與討論工作，使相關人員專業素質得到提升，從而使檔案管理工作得到完善。