本科畢業論文一般要經過選題、收集資料、進行科學實驗、編寫論文提綱、撰寫初稿、修改定稿等幾個階段，要求指導教師與學生經常進行交流，逐個層次地對學生進行論文寫作的基礎性訓練，使學生掌握學術論文寫作的基本方法，培養其學術研究的素養，進行創新能力的訓練。
(一)畢業論文(設計)的選題原則
1.畢業論文(設計)選題要充分體現專業人才培養目標的.要求，根據所學專業進行選題，不得跨專業選題。
2.畢業論文(設計)的題目要有一定的研究價值和現實意義，有一定的開拓性和創新性。
3.選題要避免盲目性和隨意性，充分考慮主客觀條件，題目應大小適中，難易適度。
4. 畢業論文(設計)選題要按照各院系對於畢業論文(設計)選題的基本要求進行，一般應由各院系組織教研室確定指導教師、擬定題目，填寫《南開大學本科畢業論文題目稽核表》，經主管院長認可後，組織學生報名、選題，併為學生介紹輔導教師及研究內容。
5.學生應在導師指導下獨立撰寫論文(進行設計)。選題原則上每生一題，二人或二人以上合作課題的，要明確每個學生獨立完成的任務，畢業論文要分開寫，論文撰寫時，要標明本人在課題研究中所負責研究的內容及其在整個課題中所佔的分量。使每名學生都受到較全面的訓練。雙學位的學生應根據所修專業上交兩篇不同的論文，不得一文兩用。
(二)資料收集與科學實驗
佔有豐富的資料是寫出高質量論文的基礎，這就要求學生在畢業論文寫作以前廣泛收集與論文有關的資料，瞭解學術理論界對自己要研究的問題的研究程度，避免低水平重複基礎性工作，避免侵犯別人的智慧財產權。
指導教師在學生收集資料和科學實驗的過程中應對學生多加指導，使學生掌握各種收集資料和科學實驗的方法，為學生提供必要的參考書目和實驗條件。