安徽省已有26個縣實現了新農合和城鄉居民醫保整合，佔全省85個新農合統籌地區總數的30%。整合後的城鄉居民醫保均由當地衛生計生部門通過“一手託兩家”的方式主管。
近年來，安徽省新農合已經實現了全部省內醫療機構及60餘家省外醫療機構的即時結報;全省建立了新農合和醫療救助的統一服務平臺;高血壓等18組常見慢性病和再生障礙性貧血等9組特殊慢性病的門診費用納入了新農合報銷。新農合通過設立一般診療費、門診診察費等，支援藥品零差率政策的推行;實行按病種付費與臨床路徑相結合，推動城市醫院改革;實施縣域醫共體試點，助推分級診療;通過建立向貧困人口傾斜的特殊補償政策，助推精準扶貧等。
由於新農合制度的“比較優勢”日益凸顯，安徽省部分市縣政府決心將城鎮居民醫保交給新農合統一管理。目前，該省已有26個縣區將城鎮居民醫保合併到新農合，由衛生計生部門統一管理。整合後的城鄉居民醫保不僅節約了行政成本，而且統一了籌資標準、報銷待遇，減少了城鄉居民重複交費的負擔，也減少了財政的重複支出。
安徽省農村合作醫療管理辦公室主任夏北海說，衛生部門“一手託兩家”，既管醫保基金，也管醫療服務，可做到基金使用效率最大化和醫療服務質量最優化。
優勢：整合後的城鄉居民
醫保不僅節約了行政成本，而且統一了籌資標準、報銷待遇，減少了城鄉居民重複交費的負擔，也減少了財政的重複支出。安徽省農村合作醫療管理辦公室主任夏北海表示，衛生部門一手託兩家既管醫保基金，也管醫療服務，可做到基金使用效率最大化和醫療服務質量最優化。
成績：近年來，安徽省新農合已實現了全部省內醫療機構及60餘家省外醫療機構的即時結報;全省建立了新農合和醫療救助的統一服務平臺;新農合通過設立一般診療費、門診診察費等，支援藥品零差率政策的.推行;實行按病種付費與臨床路徑相結合，推動城市醫院改革;實施縣域醫共體試點，助推分級診療等。
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整合的經驗——
誰的參保人數多誰主導
福建省漳州市龍海市從2011年起實行城鄉居民一體化醫療保障制度，將城鎮居民醫保劃歸新農合管理;2014年年底，該市又將城鎮職工醫保和城鄉居民醫保合併，成立龍海市醫療保障基金管理中心，為衛生計生局下屬事業單位，實現了“三保合一”。龍海市醫療保障基金管理中心主任許智賢表示，“整合後的城鄉居民醫保延續了新農合的各項政策，得到了城鎮居民的普遍歡迎”。
整合其實也是一個順應民心的過程。許智賢說，在2011年之前，新農合基金繳費低、補償比例較高、人數多、基金總量大，而城鎮居民醫保繳費高、人數少、補償政策不及新農合，“城鎮居民要求加入新農合的呼聲非常高”。另一方面，當時龍海市城鎮居民醫保參保人數約6.8萬人，新農合參合人數約67萬人，無論在參保人數還是在經辦管理能力方面，新農合整合城鎮居民醫保都順理成章。
在安徽省巢湖市，城鎮居民馬大爺回憶，他從2007年開始參加城鎮居民醫療保險，一年交200元，一直交到2011年年底。“那時候住農村的親戚參加新農合，每年繳費30元，但兩項制度在報銷水平上卻相差無幾。”當時，這種差別讓城鎮居民十分不滿，很多人選擇重複參加新農合，更多的人要求在繳費水平和報銷政策上同農民一致。
2012年，大家的願望終於實現，巢湖市將城鎮居民醫保整體併入新農合，當地居民不再受城鄉身份的限制，參加統一的城鄉居民醫保制度，在個人繳費、補償待遇、籌資時間等方面實現了一致。該市城鄉居民醫保中心主任徐濟貴說，當時新農合參合人口超過50萬，城鎮居民醫保參保人數只有15萬，“在這種情況下，管理權屬是一道很簡單的選擇題”。
據記者瞭解，安徽省目前共有26個縣實現了衛生計生部門主導下的整合，其他地區還是衛生計生部門、人社部門分管的局面。安徽省衛生計生委基層衛生處處長夏北海告訴記者，安徽省政府的意見是“誰的參保人數多，就由誰主導”。在安徽，縣城內的城鎮人口一般佔全縣人口的10%～15%，讓這部分人歸屬新農合管理相對容易;在設區市，由於城鎮化水平較高，農村人口較少，由人社部門實現整合確實也相對容易。
夏北海還表示，醫保整合涉及編制、機構、人員、基金、資產、檔案、資訊資料、資訊系統劃轉等諸多方面，各個地方情況不盡相同，從實際情況出發更能實現整合的目的。