通過海關時，香港居民與外來旅客分別從不同通道過關，入境處一般均會有醒目標誌，標出正確通道，請注意遵循有關說明過境。辦理出境手續基本與入境手續相似，只需持本人有效證件和已填妥的.出境登記卡，排隊辦理出境手續。各關口也均有明顯標誌，指示持不同證件人士的出境通道，請注意核對，選擇正確通道出境。香港機場、九龍火車站、上環碼頭、中港城碼頭等均設有出入境關口。香港與深圳接壤處，也在羅湖、皇崗、文錦渡等地開設出入境關口。
因此，無論選擇坐飛機、輪船、火車直接抵離港，或通過深圳進出香港，都可以非常方便地辦理出入境手續。請注意，自行抵達深圳過關入港者，須留意各關口閉口時間。一般而言，個人自行過關，大多從羅湖關口入境，該關口在6:30－0：00之間辦理出入境手續。有車輛者可自文錦渡關口入境，該處入境者較少，辦理手續比較快，辦理時間在7：00－22：00。皇崗關口多為貨櫃車通行口岸，也有部分直通旅遊巴士由此處入境。