醫學是同濟大學開設最早的專業。1907年德國醫生寶隆創辦了“德文醫學堂”;經過100多年的發展成為現在的綜合性大學——同濟大學。
醫學專業經過了將近半個世紀的變遷。但是同濟大學仍然非常重視重新發展醫學，於2000年恢復了醫學院。近年來，醫學院作為同濟大學的重點建設和發展學科，取得了一系列令人矚目的成就，而且還將在將來創造不凡的業績。
同濟大學醫學院目前設有基礎醫學院、“再生醫學系”、“免疫學與病原生物學系”、“病理學與病理生理學系”、“護理系”和五個附屬醫院：附屬同濟醫院、附屬第十人民醫院、附屬東方醫院、附屬肺科醫院及附屬第一婦嬰保健院，主要開展臨床醫學專業的本科生(包括五年制、七年制和八年制)和研究生培養，授予學士、碩士和博士學位。
醫學院擁有世界衛生組織命名的“WHO圍產保健合作中心”;擁有兩個上海市重點學科(胸外科重點學科和護理學科重點學科)、三個上海市重點專科(心力衰竭診治重點專科、口腔種植修復重點專科和創傷骨科重點專科);中醫心腦血管和視覺復明(與外院共建)兩個上海市臨床醫學中心;擁有上海市產前診斷中心和上海市早產兒醫療護理中心;擁有上海市結核(肺)重點實驗室和“心律失常教育部重點實驗室”。
“按傳統全面發展，我們很難趕上別人，但我們可以探索一條同濟醫科新的發展道路，先在個別重點領域區域性取得突破，再以區域性帶動整體。”醫學院領導班子審時度勢，決定將同濟有限的醫學資源，重點集中在國家有需求、未來發展前景看好的“幹細胞”、“免疫學”、“腫瘤”、“老年病”和“中醫”等五大領域，其中，“幹細胞/ 再生醫學”更被視為同濟醫科發展的重中之重。
2010年獲得臨床醫學一級學科博士點，預防醫學、中醫、藥學一級學科碩士點，製藥工程(專業學位)碩士點。同時，生物醫學工程一級學科博士點列入醫學院。
學科發展方向明確 “人才興院”戰略充分順應學院學科發展方向。院系建設打破原有教研室模式，重新組合成立三個學系“再生醫學系”、“免疫學與病原生物學系”和“病理學與病理生理學系” ;初步建立31個課題組，實行課題組長負責制。重建十年來，學院聚集了許多像徐國彤、陳義漢、劉小青、徐俊、朱偉東、丁玉強等等知名年輕特聘教授以及董晨、林欣、孫毅、範國平等等客座教授。
近年來，通過大力引進和培養人才、營造科研氛圍，學科建設有了突破性的發展，在《SCIENCE》和《Am J Hum Genet》等國際學術刊物上發表了重要學術論文，獲得了包括國家自然科學獎二等獎、國家科技進步二等獎、教育部自然科學一等獎、上海市科技進步獎、上海市自然科學牡丹獎、上海市醫學科技獎等在內的一批科研成果。僅2010年這一年，醫學院合計發表SCI論文140餘篇，獲得國家自然科學基金專案達49 項，總科研經費(不包括各附屬醫院)愈5000萬。
醫學院不斷完善管理體制，成立了醫學院教授委員會，實現民主管理、教授治學;分別在東方醫院、第十人民醫院、同濟醫院、第一婦嬰保健醫院、長征醫院和長海醫院設立六個臨床轉化醫學研究中心，有力地促進同濟大學醫學領域乃至更廣泛領域的科學研究工作;心律失常教育部重點實驗室和幹細胞研究中心在人才引進和平臺建設等方面取得重要進展。“教育部創新團隊”計劃專案順利通過驗收，獲得高度評價。
依據同濟大學“知識、能力、人格”三位一體的培養目標，醫學院把“卓越醫師”人才培養計劃列入了重中之重工作，以“學生為中心，能力為導向”，堅持“注重素質、強化能力、面向未來、多元發展”的培養理念，以 “知識、能力、人格”綜合發展，具有崇高職業素養、寬厚基礎知識和紮實專業技能的全面、人道的卓越醫師為培養目標，秉承精英化醫學教育的理念，充分利用同濟大學學科門類齊全，教學設施完備，理工文法實力雄厚的特點，利用長期對外合作辦學的優勢，將建立教學質量保障和持續改進體系、突出臨床實踐技能和人文服務精神的教學特色、注重大學生創新能力培養和國際化合作教育作為貫穿醫學院教育思想觀念的主線。加強學生創新能力培養等方式，力求培養出融知識、能力、人格為一體的文、理、醫相結合的人才。