各個主考院校設計的畢業論文答辯程序不完全相同但一般涉及以下幾個環節。
考生在畢業論文答辯前一週，將經過指導老師審定並簽署意見的畢業論文一式5份（具體看各校要求，答辯委員會委員每人一份，市自考辦兩份）和申請材料交給指導老師，由指導老師在論文答辯前3-5天轉交給答辯委員會的各位委員（或者由各單位負責答辯事務的老師統一轉交）。各答辯委員在仔細研讀畢業論文的基礎上，擬出要提問的問題，然後舉行答辯會。
在答辯會上，要求考生先用5-10分鐘的時間闡述論文標題及選擇該論題的原因，並介紹論文的結構、主要觀點、論據和寫作體會。
答辯委員對論文進行評議並提問。答辯委員首先對論文的整體質量進行評價，然後提問。每位答辯委員一般提兩個問題。答辯委員提問完後，有的規定考生當場立即做出回答，隨問隨答。有的規定所有答辯委員提問完後，讓考生獨立準備20-30分鐘後，再當面回答。
考生回答完所有問題後退場，答辯委員會根據論文質量和答辯情況，商定論文透過還是不透過，並擬定成績和評語。
答辯委員會召回考生，由答辯委員會主席對考生就論文和答辯過程中的情況加以總結，肯定其優點和長處，指出其錯誤或不足之處，並加以必要的補充和指點，同時宣佈論文透過情況。至於論文的成績，一般不當場宣佈。
答辯前作好準備
考生要順利透過論文答辯，必須在答辯前作好準備。
寫好論文是順利透過答辯的前提。論文答辯成績是答辯委員會綜合論文質量和答辯情況而評定的，因此寫好論文是論文答辯獲得好成績的前提。一篇好的論文大致要符合以下要求：論文選題有理論和現實意義；論文結構合理，邏輯清晰，層次清楚，資料詳實，論證充分，文字流暢，結論正確或合理，寫作規範。
仔細閱讀論文和有關資料。考生要對自己論文的結構、內容、觀點等了然於胸，尤其要注意在論文寫作過程中引用的數據、案例以及其他資料。
認真準備好陳述詞。準備的.陳述詞切忌生硬、機械、呆板。陳述詞的長短應根據規定陳述的時間而設計。準備好陳述詞後，自己應提前演練，直至感覺滿意爲止。
預先設想答辯委員可能提出的問題。考生提前要認真做好相應的充分準備。答辯委員一般會就考生論文中涉及但探討不深不細的問題進行提問。考生在論文中引用的數據、觀點、一些現實問題以及涉及論文的專業範圍內的其他問題等也往往是答辯委員常問的問題。
如果考生在論文答辯前沒有完成好論文或者感到沒有準備好答辯，可以申請延期答辯，這樣既可以避免因論文答辯成績不能取得優、良而拿不到學位，同時又不影響下一次的答辯成績。只是畢業時間要相應延遲。
考生可以將寫作過程中用到的資料和與論文有關的數據、資料整理好，帶到答辯現場以備答辯之用。
答辯中要注意四點
考生進入答辯會場後，要向各位答辯委員致意。待答辯委員會主席宣佈答辯開始後，考生應首先做簡單的自我介紹，然後簡明扼要而又生動的闡述論文題目、選題意義、論文結構、觀點等，特別是自己的創新觀點要闡述清楚，不要念或背論文摘要。
認真完整地記錄好老師所提的問題，對老師提的問題若不明白，要及時請教，以免答非所問。考生在整理和回答問題時，可以依照一定順序（如提問的順序）準備、回答各位委員提出的問題，也可以將各位委員所提的問題進行綜合、歸類，一併準備、回答。
考生回答問題既要完整，又要防止拖泥帶水，把問題扯得很遠，更切忌答非所問。回答問題既要注重整體性又要突出重點，並且要特別注意思維的層次性和邏輯性。對於自己準備不好或根本就不會回答的問題，考生切忌亂答，應主動向答辯委員會道歉並請教。