對申請澳大利亞留學移民有較大影響的幾種最常見疾病是肺結核、乙型肝炎和艾滋病。
所有永久居民簽證以及大部份臨時性移民簽證的申請人，如果16歲以上，均需進行X光檢查，以確定是否患有肺結核。如果X光顯示有肺結核者（結論為：有鈣化點或鈣化結節）需作進一步審查，以確定其是否為活性以及是否得到妥善治療，這一過程的通常做法是將體檢結果送回澳洲總部進行集體會審，會審的結果有三種：
1.經進一步檢查確定為活性或者未經妥善治療者，必須進行全面的治療。
2.對經過診斷確定為非活性或者經過妥善治療者，在申請人簽署定期進行檢查的保證書後，移民局一般會予以放行。這一過程需要1個月的時間。
3.被確認已完全痊癒。這一過程需要1個月的.時間。
由於中國大陸被澳洲劃為“肺結核”高發地區，所以所有X-Ray結論有鈣化點或鈣化結節的申請人的體檢報告將被送到澳洲總部會審，所以申請人不必為此擔心。
對經診斷為乙型肝炎帶菌者，澳大利亞移民局一般也不會拒絕其申請，而是參照肺結核病的做法，在申請人簽署定期進行的保證書後予以放行。
艾滋病檢查一般是通過抽血化驗進行的，留學一般不進行抽血化驗HIV。
所有16歲以上的永久居民申請人必須做血液檢查，以確定是否為艾滋病患者。16歲以下的收養子女或有輸血歷史者亦需進行體檢。
審理程序體檢一般會在澳大利亞移民申請人所在國進行，並由移民局指定的醫院負責檢查。對大多數申請人而言，體檢費時費錢，而且會對申請人及其家庭帶來諸多不便。因此，移民局一般會在確認申請人首先符合其他的法律標準後，才要求體檢。但在某些情況下，尤其是在境內遞交的申請，申請人也可以在遞交申請前體檢。除非收到體檢結果，移民官不可批准簽證申請。在有些情況下，儘管申請人的身體狀況不會對他人的健康和安全造成威脅，但如果治療該疾病會對社區帶來重大的經濟負擔或影響到澳洲人使用有關的醫療設備，則有關的移民申請仍然可能被拒絕。