黑龍江大學爲全國首批研究生招生單位，研究生教育始於1981 年。經過30年的發展歷程，研究生教育已覆蓋哲、經、法、教、文、史、理、工、農、管等十餘個學科門類。擁有博士學位授權一級學科5個，碩士學位授權一級學科24個，碩士專業學位授權學科11個，可設置二級學科博士點54個、二級學科碩士點191個;2個國家重點學科(含培育)，2個學科羣、1個一級學科、21個二級學科爲省級重點學科(含建設);擁有6個博士後科研流動站，3個博士後科研工作站，研究生學科在數量上已遠超過本科專業。在科學學位建設取得跨越式發展的同時，專業學位建設也在穩步發展，現有法律碩士、工程碩士、工商管理碩士、農業推廣碩士、公共管理碩士、漢語國際教育碩士、翻譯碩士、教育碩士、國際商務碩士、圖書情報碩士、新聞與傳播碩士等11個專業學位授權點。目前博士研究生在校人數236人，全日制研究生在校人數3810人，非全日制研究生在校人數937人，研究生在校總人數4659人，研究生在校生人數達到歷史空前。
黑龍江大學於2006年5月在原研究生處的基礎上正式成立研究生學院及其黨委，2012年7月成立研究生院。基本已建成了學科門類齊全、學位層次完備、招生類別多樣、辦學規模較大的研究生教育體系，目前黑龍江大學研究生教育“十一五”規劃工作已順利完成，研究生教育也實現了由外延發展向內涵式發展的戰略轉變。研究生學院負責全校各級各類研究生招生、培養、學位、學生教育等管理工作。研究生學院的服務主體爲導師、研究生和準備報考研究生的考生。研究生學院的工作定位是“以提高研究生培養質量爲中心，以提供研究生教育服務爲宗旨;建立科學的研究生導師遴選、培訓和評估的管理體系，科學地規範研究生培養的進、培、出的管理程序，塑造和提高研究生自主創新精神和能力，努力開創基礎紮實、自主創新、個性張揚、生機勃勃的研究生教育工作局面” 。研究生導師隊伍建設是研究生質量的基石。我校堅持“可上可下，動態管理”的管理思想，嚴格遴選、培訓、考覈管理制度，逐步構建競爭、開放、團隊、有序的導師隊伍優化機制。目前我校有博士生導師98名，碩士生導師669名，其中14名導師榮獲黑龍江省優秀研究生導師，4個導師團隊榮獲黑龍江優秀研究生導師團隊，建立起了一支年齡結構、學歷結構、學緣結構較爲合理的導師隊伍。創新精神和創新能力是研究生質量的生命線。研究生學院大力推進教育創新，倡導導師自主創新，鼓勵學生科技創新，堅持研究生科研獎勵機制。學生活動的開展也應服務於創新精神和實踐能力這條主線。我校研究生創新培養成績斐然，我校獲全國百篇優秀博士論文獎1項，獲全國百篇優秀博士論文提名獎4項，研究生教師的6部著作被教育部遴選爲全國研究生教學用書，申請黑龍江研究生創新科研項目145項，項目經費近百萬元。 思想政治教育和研究生日常管理是研究生學院工作的另一條主線。研究生學院學生管理堅持“以人爲本”，將研究生思想政治教育和研究生日常管理全面納入學校學生工作軌道，同時尊重研究生教育的客觀規律，開拓視野，面向前沿，開展切實有益的學術文體活動。注重研究生學習生活感受，引導研究生的個性發展，塑造爲人爲學的人格情操，注重科學精神與人文精神的結合，使研究生精神面貌和整體素質再上新臺階。
研究生學院一直通過優化結構和創新機制，進一步提高學位與研究生教育質量，不斷完善有中國特色、符合高層次人才成長規律的學位體系，充分發揮學位與研究生教育在現代化建設中的重要支撐作用，努力把我校學位與研究生教育工作提高到一個新的高度，新的水平。