1、專人保管制度。
就是要視具體條件，全面實行發票的集中專人保管制度。要確定專人負責發票管理、領發等日常工作。稅務機關及一切用票單位和個人均應按實際需要，設定專職發票管理員。建立嚴格的發票領發制度，並明確其工作職責，建立和實施嚴格的崗位責任考核制度，並且做到定期檢查、獎罰兌現，充分調動他們的工作積極性。
2、專庫保管制度。
就是要有專門的`發票存放設施，確保發票的安全。各級稅務機關要嚴格按照規定設立專門儲存發票的倉庫，並配備必要的防盜、防火、防黴爛毀損、防蟲傷鼠咬、防丟失等安全措施。用票單位和個人也要配備專櫃，並分門別類、按順序號碼堆放，要有利於存取和盤查。增值稅專用發票的保管實行24小時雙人值班制度。
3、專帳登記制度。
就是要設立發票管理總帳和明細分類帳，對所有集中保管的發票登記入帳，通過帳、表反映發票印、領、用、存數量情況，並由購（領）人員簽章，做到手續齊全，責任清晰，做到帳帳相符，帳表相符，帳實相符。
4、保管交接制度。
發票保管人員調動工作崗位或因故離職時，均須將本人所管發票及領發登記簿，在規定的期限內與接替人員辦理交接手續，由有關人員進行實地監交，交接手續不清不得離職。在發生移交時，均應填制移交清冊，由接替人員逐項核對、清點驗收。對庫存發票應根據“發票領發登記簿”結餘數進行交接。實際庫存數與登記簿結餘數必須一致。不一致時，移交人員應限期查清。交接完畢後，由交接雙方和監交人在移交清冊上簽名或蓋章。用票單位和個人已使用過的發票存根，在保管期限內，任何單位和個人都不得私自銷燬。
5、定期盤點制度。
各級稅務機關及用票單位和個人，定期對庫存未用的發票應進行一次清點，以檢查是否帳實相符。省轄市國稅局每月對增值稅專用發票盤查一次，縣（區）國稅局每旬對增值稅專用發票盤查一次，主管國稅機關每天對增值稅專用發票盤查一次。縣（市）級稅務機關至少每半年對轄區內各基層稅務機關及用票單位庫存發票情況要進行一次帳實稽核工作。若有不符，應查明原因，及時作出處理。