從管理的角度看，商務祕書部門是下商企業的中樞機構，是企業管理構成中的綜合性輔助管理部門，其地位的重要性不言而喻。但是企業不同於黨政機關，黨政機關的機構組成是由相應的組織法規予以確認的，在一般情況下其差異性不會太大。而現實工作中，各型各類工商企業的體制、規模和管理模式千差萬別，因而其機構設定也並非是有一定之規。況且企業的管理機構組成和人員配置主要取決於企業的經濟活動的需要，即使一些大型國企，其機構設定受黨政機關影響比較明顯，在國企體制改革後，其機構也大多進行了調整。更何況大量出現的'民營企業，其機構設定是以效益為其礎。在這種情況下，企業領導人的領導風格和工作習慣都在很大程度上影響著機構的設定。因此，各型各類下商企業的商務祕書部門設定和人員配置不可能是整齊劃一的。
即便如此，一般而言，在稍具規模的企業中仍設有商務祕書機構。這些機構有的與黨政機關相似稱為辦公室，有的則稱為行政事務部或行政部，還有的企業規模不大，將人事、財務與商務祕書事務合併在一起，統稱為綜合管理辦公室，或簡稱為綜合辦。
這些相對集中地處理商務祕書事務的機構並不涵蓋為董事會服務的董事會祕書，也不涵蓋為各部門服務的經理助理或文員。這些相對集中地處理商務祕書事務的機構如辦公室，與分散在各部門的商務祕書人員也沒有隸屬關係，有些甚至連業務指導關係也並不明確。