財稅[2013]106號檔案附件3《過渡政策的規定》規定：“試點納稅人提供國際貨物運輸代理服務，向委託方收取的全部國際貨物運輸代理服務收入，以及向國際運輸承運人支付的國際運輸費用，必須通過金融機構進行結算。
試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸提供的貨物運輸代理服務參照國際貨物運輸代理服務有關規定執行。
委託方索取發票的，試點納稅人應當就國際貨物運輸代理服務收入向委託方全額開具增值稅普通發票。
該規定自2013年8月1日起執行。2013年8月1日至規定釋出之日前，已開具增值稅專用發票的，應將專用發票追回後方可適用本規定。”
國際貨物運輸代理服務，是指接受貨物收貨人或其代理人、發貨人或其代理人、運輸工具所有人、運輸工具承租人或運輸工具經營人的'委託，以委託人的名義或者以自己的名義，在不直接提供貨物運輸服務的情況下，直接為委託人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯絡安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續的業務活動。”
國家稅務總局公告[2014]第42號規定：自2014年9月1日起：“試點納稅人通過其他代理人，間接為委託人辦理貨物的國際運輸、從事國際運輸的運輸工具進出港口、聯絡安排引航、靠泊、裝卸等貨物和船舶代理相關業務手續，可按照《財政部國家稅務總局關於將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改徵增值稅試點的通知》(財稅[2013]106號)附件3第一條第(十四)項免徵增值稅。
試點納稅人提供上述國際貨物運輸代理服務，向委託人收取的全部代理收入，以及向其他代理人支付的全部代理費用，必須通過金融機構進行結算。
試點納稅人為大陸與香港、澳門、臺灣地區之間的貨物運輸簡介提供的貨物運輸代理服務，參照上述規定執行。”
備案流程：
一、納稅人應提供主表、份數
《增值稅稅收優惠事項備案表》，3份
二、納稅人應提供資料
1.《國際船舶代理經營資格登記證》或其他相關資質證明原件及影印件;
2.國際貨物運輸代理業務合同原件及影印件;
3.收取或支付全部價款、費用的結算賬戶賬號資料原件及影印件;
三、稅務機關承諾時限
提供資料完整、填寫內容準確、各項手續齊全，符合條件的3個工作日辦結。
四、辦理部門
主管稅務機關辦稅服務廳