檔案是指會計憑證、會計賬簿和財務報告等會計核算專業材料，是記錄和反映單位財務的重要史料和證據。目前，會計委派制下的會計檔案管理存在的主要問題如下：
一是有的會計核算中心沒有或未及時向委託單位移交會計檔案，不符合《會計檔案管理辦法》的規定。《會計檔案管理辦法》第6條明確指出，“當年形成的會計檔案，在會計年度終結後，可暫由會計機構保管一年，期滿之後，應當由會計機構編制移交清冊，移交本單位檔案機構統一保管”。會計核算中心成立後形成的會計檔案是委託單位委託被委託單位進行會計核算而形成的，儘管會計檔案的實體由於保管單位的變更而變更，但其所有權仍是委託單位，屬於委託單位全宗的一個門類，應當保持一個單位全宗的完整性和連續性。
二是紙質會計檔案與儲存會計資料的磁介質檔案沒有同步歸檔。會計工作由傳統的手工記賬形式到運用機形式記賬，會計核算形式發生了變化，財政部頒發的《會計電算化工作規範》第四章第7條明確指出：“電算化會計檔案，包括儲存在計算機硬碟中的會計資料、其他磁性介質或光碟儲存的會計資料和計算機打印出來書面形式的會計資料。”《會計基礎工作規範》第45條規定，“實行會計電算化的單位，有關電子資料、會計軟體資料等應當作為會計檔案進行管理”。然而實際工作中，會計委派制核算的地區或部門，基本都實行了電算化會計，形成的大量磁介質會計檔案都儲存在會計核算中心，即便是定期向委託單位移交會計檔案的核算中心，也只移交紙質會計檔案。
三是會計工作與會計檔案管理脫節。會計檔案是會計核算的產物，它產生於會計業務工作之中，是會計工作的延伸，也是會計工作的終結。但在實際工作中，會計委派制管理下的會計人員對會計業務非常熟練，經常參加會計業務的培訓和學習，但對檔案知識，特別是會計檔案規範化整理標準知之甚少，也沒有參加過會計檔案管理的'培訓與學習。各單位普遍重會計業務，輕會計檔案管理。在各單位制定的會計制度中突出強調了會計業務，卻忽視了制定詳細的具有可操作性的會計檔案管理制度，沒有把會計檔案的規範化管理納入會計人員崗位職責中。在會計人員上崗前，沒有邀請檔案專業人員講授會計檔案管理的基本知識與操作技能，造成會計檔案整理質量不高，封面內容填寫不全，裝訂不整齊，有的分類、排列不規範，無目錄等現象，使整理出的會計檔案沒有達到規範化標準，更談不上管理。
四是財政部門與檔案行政管理部門缺乏必要的溝通與合作。由於會計委派制是近些年來新型的管理模式，其業務主要接受同級財政部門的監管。然而從其成立至今，無論財政部門還是檔案部門都沒有對新管理模式下會計檔案的管理作出具體的要求和規定，檔案部門也沒有主動地介入其中進行業務指導與監督。財政部門只強調會計業務規範與否，而對會計檔案規範與否少有問津，使會計委派制下的會計檔案基本屬於“失控”狀態。
五是會計檔案管理制度不完善。制度不健全勢必造成管理無章可循。不少會計核算中心並沒有制定較為完善的會計檔案立卷、歸檔、保管等制度，對會計檔案的歸檔範圍、歸檔時間，整理標準，移交等問題沒有作出具體的可操作性強的規定。只突出強調了會計業務工作，忽視了會計檔案管理，沒有把會計檔案規範化管理納入會計人員崗位責任制中，也沒有配備專人管理會計檔案。
針對會計管理體制改革給會計檔案管理帶來的問題，筆者認為應強化以下方面工作：
一要加強會計檔案管理，理順會計檔案管理體制。實行委派制管理的會計檔案，應嚴格按照《檔案法》、《會計法》、《會計檔案管理辦法》等有關規定，明確會計檔案的所有權是委託單位，將委託單位的會計檔案整理規範，在核算中心暫保管一年，期滿後編制會計檔案的案卷目錄，連同打印出的紙質會計檔案和儲存會計資料的磁介質會計檔案，向委託單位的檔案機構移交。
二要加強會計人員崗位培訓，提高會計檔案的案卷質量。會計人員是會計檔案整理的第一責任人。會計人員對會計檔案規範化整理的熟知、熟練程度，決定了會計檔案案卷質量的高低。因此，必須將會計檔案管理及操作技能的培訓，納入會計人員崗前培訓，從會計檔案整理的基礎業務學起，使其熟練掌握會計檔案管理的基本知識與操作技能，進而從源頭上做好會計檔案的整理規範工作。