在市場經濟體制下，衛生系統的會計工作只是靜態反映單位的經濟活動，被動執行國家的法規政策，其職能具有明顯的侷限性。
隨著醫療衛生體制改革的深入，特別是醫療保險制度的逐步完善，衛生機構面臨優勝劣汰的市場選擇，這就要求衛生事業機構必須從管理體制、內部執行機制等方面，進行深入全面的改革。在改革中特別是要加強醫院財務管理，規範醫院的'財務行為，以促進醫療衛生事業的健康發展。
一、強化市場觀念，樹立現代化的財務管理意識。隨著衛生行業競爭的日趨激烈，作為醫院管理隊伍重要組成部分的財務管理者，必須具有創新精神，掌握現代化經濟管理方法，如利用投入產出分析、量本利分析、技術經濟分析等，採用經濟預測、可行性研究和綜合效益評價等技術方法，精心理財，提高衛生會計的科學管理水平。
二、加強財務管理，提高現有資金的使用效益。財會人員要改變把錢管好、萬事大吉的傳統做法。在嚴格按照資金管理的各項規章制度基礎上，選擇靈活的資金使用方法，充分利用現代化管理手段，加速各項資金運轉速度，保持資金的良性迴圈，對重大的開支專案要算好帳，在合理排程資金的基礎上，對各項資金實行定額管理，防止呆帳、壞帳和資金沉澱，盤活資金存量。同時，做好流動資金的分析和資訊反饋，樹立資金效率意識，採用科學的結算方式，辦理資金結算業務，管好、用好手中的資金，使有限的資金充分利用起來，達到保值、增值的目的。
三、加強收入與支出管理，積極拓寬收入領域，嚴格控制支出範圍。醫院收入包括財政補助收入、上級補助收入、醫療收入、藥品收入和其他收入。在收入管理中應從以下幾方面加強管理：
1、嚴格執行國家規定的收費標準，使用財政部門統一監製的收費票據。
2、醫院的收入要全部入帳，任何部門或個人不得私設小金庫，必須納入統一的核算體系。
3、醫院收入原則上當日收入當日結算，使收入的資金置於安全管理之下，任何人不得以任何藉口將公款挪作他用。
4、拓寬收入的範圍，積極開展各項創收活動。如開展便民門診、家庭護理等一系列活動。醫院支出包括醫療支出、藥品支出、其他支出和財政專項支出四項。
支出管理中應從以下幾方面加強管理：
1、嚴格執行財務規章制度，維護財經紀律，嚴格執行批准的支出預算。
2、節約支出、嚴把支出報銷關。醫院按照國家規定的財政、財務制度和開支標準及開支範圍，由財務人員對單據、憑證進行初審，對不合格的單據、憑證及時提醒院領導拒籤。對辦公費、業務費、專項資金和其他零星開支，實行分管院長審批制度，不經批准的一律不準報銷。
3、嚴格管理程式，建立有效的制約機制。總之，財務人員必須樹立統收統支的觀念，實行收支兩條線，分別核算，分別管理，同時堅持總量控制、結構調整的方針政策，努力提高醫療收入的比例，降低藥品收入的比例，逐步改變以藥養醫的現象。