一、高校校本課程開發中存在的主要問題
（一）教材質量良莠不齊
高校校本課程的開發首先體現在高校校本教材的編寫上。近幾年來，在各地學校領導和學科教師的努力下，各種高校校本教材的編寫取得了可喜的成績，但也存在著不少不容忽視的問題。例如，一些教材根本沒有遵循從已知到未知、由淺入深、由簡單而繁難、由感知而理解等學生認識客觀事物的“序”；有些教材則沒有考慮諸如國小生的思維以具體形象思維為主、國中二年級後抽象思維才始佔優勢等學生認識能力發展的“序”；有些教材雖然照顧到了上述兩個“序”卻又嚴重忽視了教材編寫理應顧及的漸進性、螺旋性，從而使得所編的高校校本教材因難度過大甚至有些晦澀，導致了教師難教、學生難學、教學效果欠佳等問題。
（二）實施過程名實不符
在整個高校校本課程開發過程中，高校校本課程的實施是一個至關重要的環節。應該說，近幾年大多數中國小的高校校本課程實施是紮實而有成效的，但也不能不看到，依然有各種問題尤其是名實不符的問題的存在。有些學校在高校校本課程實施中常常會有偷工減料的現象。教師（多半為有關學科教師兼任）往往只用其中的一部分時間來教授高校校本教材的內容，卻以大量的時間“捎帶”講授自己所教主課的內容；有些學校甚至使高校校本課程課變相成為常規學科的自修課、補習課；還有一些學校儘管能依據規定的課程進度，按時按量地實施高校校本課程，但在實施中只是停留於有限的課堂講授上，既忽視了課後相應練習的設計與安排，也沒有考慮到如何引導學生去探究問題以及實際應用。這些名實不符的做法無疑會嚴重製約學生對高校校本課程的有效學習，進而阻礙高校校本課程的良性發展。
（三）課程評價嚴重滯後
高校校本課程評價直接關係著高校校本課程開發與實施的成功與否。但我國高校校本課程的評價存在著嚴重的滯後性問題。一方面，高校校本課程的評價並沒有列入現今的課程評價範疇中，對一所學校的評價依據也主要是看其常規課程的設定、實施情況以及學生的考試成績，而且評價的方式往往也是採取考試的形式。這就使得高校校本課程的評價成了課程評價中被遺忘的角落。另一方面，一些地方雖然也在作一些高校校本課程評價的嘗試，但往往缺乏科學規範的評價指標、嚴密有效的評價程式，評價的體系多半是相對單一的，採取的是與常規課程同樣的評價方式——考試，卻忽視了高校校本課程是否與區域經濟實際、當地傳統文化密切聯絡等這些重要的評價因子。
二、高校校本課程開發中存在問題的影響因素
（一）教師課程意識淡薄，課程開發能力欠缺
一方面，由於受傳統觀念的影響，相當多的中國小教師把自己的注意力投向了使自己成為學校課程的優秀實施者抑或優秀的知識傳遞者這一點上。在他們看來，學校裡應該設定什麼樣的課程，尤其是應該設定什麼樣的高校校本課程，學生應該學習哪些知識等與己無關，而是教育主管部門和教育專家們的事情。他們課程開發意識淡薄，不會主動地去思考高校校本課程的設定和開發問題。另一方面，有些教師儘管也有課程開發的意識和積極性，但他們既缺少心理學的基本知識，更缺乏必要的教育理論素養，尤其是缺乏課程編制方面的素養，因而在設定和編制高校校本課程時往往會顯得力不從心，編制出來的高校校本課程教材既不適合於教師教也難於讓學生學。
（二）教師的“專業個人主義”色彩濃厚，缺少彼此間的溝通交流與合作
高校校本課程的開發是一個複雜的過程，僅僅靠教師的個人努力是不夠的，還需要本學科教師之間甚至是相關學科教師之間的交流與合作，需要建立一種積極合作的集體氣氛來保障高校校本教材的編寫、實施以及評價的順利進行。然而事實是，在高校校本課程開發中教師彼此之間學術交流並不充分，積極合作的`集體氣氛也多有欠缺。究其原因，其一，教師長久以來的“專業個人主義”使教師養成了“獨立”的習慣，他們也很少有機會或是有意願表達自己在高校校本課程實施中遇到的困惑。這種“專業個人主義”的存在，對高校校本教材的研發、高校校本課程的實施乃至高校校本課程的評價都產生不良的影響。其二，教師在教學中的工作特點也影響著教師彼此間在高校校本課程開發方面的交流與合作。眾所周知，教師在高校校本課程教學中所碰到的大部分問題都是需要在課堂教學中解決的，但教師並未養成交流合作的習慣。同時，除了上一些公開課或是教研組活動外，教師是沒有機會互相觀摩交流的。他們的合作意識和合作能力沒有培養起來，在高校校本課程開發中不能及時獲得大量寶貴的反饋資訊，以致高校校本課程在教材編寫、實施過程以及評價體系上環環脫節。
（三）高校校本課程的評價工作多被忽略，缺乏科學性
近年來，我們對高校校本課程評價的理論與實證研究都很不夠，高校校本課程的評價問題一直處在被忽略的狀態。一是由於我國的高校校本課程開發起步較晚，經驗獲得較少，仍處於摸索、實踐研究階段。二是教育工作者通常把主要的精力放在高校校本課程的開發方案或計劃的設計和實施上，並不太關注和重視評價工作。加之大學聯考指揮棒的作祟，對高校校本課程評價也產生一些誤導。高校校本課程的評價還有一個重要的不足，是評價標準隨意性過強、缺少科學性。高校校本課程的一個重要的目的就是要發揮學生的主體性，張揚學生的個性，自然不能用一種整齊劃一的標準去評價其優劣。但一些學校在評價高校校本課程時往往主觀色彩過濃，評價標準過於單一，評價方式也只是簡單的自評或互評，評價的內容並不是很到位。例如，大多數高校校本課程開發方案中都有評價部分，但操作起來往往流於形式，並沒有依循學生年齡發展規律，沒有建立科學有效的評價機制。