簽訂“黑白合同”的目的是為規避法律或銀行的規定，這是一種違法的行為，儘管這種違法行為未必會帶來特別嚴重的法律後果，但交易雙方還是儘量不要簽訂這樣的合同，因為這還會增加交易風險。雖然有人是為規避法律主動簽訂，但有人也是因為另一方提出要求而被動簽訂，而且目前完全杜絕黑白合同的現象又很難做到。因此，不管出於什麼原因而簽訂黑白合同，都要注意防範由此而產生的風險。這種風險主要是指當產生爭議時，雙方對合同價格各執一詞，紛紛主張對自己有利的價格。
按上海市高階人民法院《關於審理“二手房”買賣案件若干問題的解答》的規定，在因“黑白合同”價格不一而產生爭議的情況下，原則上以時間在後的合同價為準。除非有證據證明前一份合同價是為規避納稅及騙取貸款等原因而簽訂的虛假價格。但是要特別注意，這個舉證責任是由提出異議方來承擔的，也就是說，誰認為前一份合同是虛假的，誰就應當承擔這個舉證責任。
但是，這樣的規定並不全面，因為兩份合同的簽訂時間並不一定有先後，可能是同時簽訂的。如果一定要以後一份合同為準的話，這時就會難以認定哪一份合同是“後一份合同”。所以關鍵是要證明哪一份合同的價格才符合雙方的真實意願。
比如，當下家為多貸款而將合同價寫高時，下家擔心上家將來持白合同要求下家多付房款，這時下家就應當承擔舉證責任，說服法官白合同上的價格是虛假的價格。這時，下家至少要讓法官相信：
一、白合同簽訂的時間在黑合同之前，因此應按黑合同的價格履行。
二、如果白合同簽訂的時間在黑合同之後或同時簽訂，那麼白合同是為多貸款而簽訂的虛假合同，不是雙方當時的真實意願，因此應按黑合同的價格履行。
早在2003年，全國人大常委會《建築法》執法檢查組釋出的報告中稱工程招標中的'黑白合同'問題突出，不僅相當普遍而且難以查處。針對發包人與承包人就同一建設工程專案簽訂了兩份不同版本的合同，即“黑白合同”，到底應以哪一份合同作為結算工程款的依據的問題，最高人民法院制定的《最高人民法院關於審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》(以下簡稱司法解釋)第21條對此作出明確規定″當事人就同一建設工程另行訂立的建設工程施工合同與經過備案的中標合同實質性內容不一致的，應當以備案的中標合同作為結算工程款的.根據″，為處理這類糾紛提供了統一的法律尺度。
正確理解本條司法解釋的含義，需要注意以下幾點：
第一、本條司法解釋的法律依據最高人民法院制定這一條司法解釋的法律依據是《中華人民共和國招投標法》。《中華人民共和國招投標法》第46條明確規定：“招標人和中標人應當自中標通知書發出之日起三十日內，按照招標檔案和中標人的投標檔案訂立書面合同。招標和投標人不得再行訂立背離合同實質性內容的其他協議”。
第二、本條司法解釋的適用範圍本條適用範圍是依法進行招投標並根據中標檔案簽訂建設工程施工合同。根據《中華人民共和國招投標法》第10條，招標分為公開招標和邀請招標，因此這兩種形式的招標專案都屬本司法解釋的適用範圍，直接發包即議標的專案則不在本司法解釋調整範圍之內。
第三、合同適用的前提條件適用此條的前提應該是中標有效。只有在中標有效，依據招標檔案和投標檔案訂立的″白合同″成立合法有效時，才適用此條。如果中標無效，即當“黑合同”簽定在中標之前時，是虛假招投標，應適用《招標投標法》第43條和第55條的規定。
第四、實質性條件“黑合同”必須對“白合同”的結算工程價款內容等實質性內容加以變更。如果在合同的履行過程中，發包人和建築商通過簽定“黑合同”的方式來變更經招標投標中標並經備案的正式合同“白合同”中的結算工程價款時，在竣工時，雙方對工程價款結算時應該“白合同”為準。
另外需要注意的是，最高人民法院的這條司法解釋並沒有排除建設施工合同雙方當事人依法變更合同的權利，因為合同變更是《合同法》賦予合同當事人的法定權利。例如在中標合同履行過程中客觀情況突然發生了重大變化，或是設計發生重大變更導致工程量的重大增減，承包人與發包人經協商對中標合同的實質性內容作出修改，這應當屬於正常的合同變更情況。總之，既要保證當事人的合同變更權不受限制和排除，又要防止當事人通過簽訂“黑白合同”作為不正當競。