Tips：本文篇幅比較長，但全是乾貨!全是乾貨!乾貨!
鑑於題主還是博一，開題報告(thesis proposal)還沒做，不深入討論“博士如何做科研/寫論文”這個話題，入門者會在逐漸深入研究的過程中，找到科研的感覺，掌握學科的研究正規化，然後總結出適合自己的思維方式與科研節奏，構建自己的科研工作模式。
多與同門、同專業、同院系的前輩做交流，可以實時瞭解本校/本院的規則、實情與動態，有助於順利畢業。導師往往不能實時瞭解學院與學校在規則上的變化，因為規則影響順利畢業，絕對打擊科研熱情。
答案分三部分：
關於開題報告解答三個問題
我對“邏輯化的思維模式”的解讀(主要圍繞學術研究展開)
第一部分：關於開題報告
一般來講，論文/課題的“優秀”與否很大程度上是由其創新性、突破性與前沿性決定的。一個突破性的科研結果即使行文不那麼漂亮、邏輯不那麼清晰，只要模型、論證與結果沒有錯誤，就是優秀甚至傑出的。如果是為了追求學校每年“優秀畢業論文”的評選，除非與前者重合，否則這個跨專業海選的“優秀”在學術上沒有多大意義。
另外，“優秀”實在是不好定義且難以衡量的，與其追求一種空泛的標準和境界，不如踏踏實實地做好最基礎的：合格。
理論上，我認為 “合格”至少指 ——
符合導師的要求：與導師的研究方向、學術計劃、要求嚴格與否等因素有關。比如有的導師放任你在專業範圍內做你想做的題目，有的給你指定方向，有的要你延續他的工作。有的要求嚴格，題目至少能發幾篇SCI/EI，有的沒那麼嚴格，工程/應用方案也行(一般工程/應用方案適合碩士)。搞清楚導師的底線與期望，這與延期與否關係很大。
符合學院與學校的要求：這二者一般是統一的，開題報告、中期彙報和畢業論文答辯是記錄在冊的，都會有統一格式的表格，以及對相應過程的要求。提前把程式與要求弄明白，免得遺漏一些手續/材料。我知道不少人總是事到臨頭問學院祕書，鬧格式不符或者缺材料的亂子。
符合所發期刊/學術會議的要求：這個一般與學校與導師的要求是獨立的，不衝突。最好提前研究清楚未來你想投稿的目標期刊的投稿須知，早早練習以學術界的正規格式寫研究報告和paper。
符合其它要求：比如有的科研專案是公司資助的，公司可能會有專利權、實驗生產以及商業化的要求。有的學生不是脫產的，原單位可能還會有特殊要求。
符合自己的要求：你對自己的定位，是否走科研之路，因為混博士的人不少，也能混出來。決定走科研學術之路的，最好選擇可以一直延續做下去的方向，某些容易跨界的基礎學科以及牛人不在此列。
先做到符合基本要求，再追求水平的提高;先做到滿足開題、中期、答辯的基本條件(保證順利畢業)，再談你的科研工作的延續性與長久性。
用我老闆的話說：先搞清楚畢業的規則，在保證順利畢業的基礎上，追求學術成就。
其次，來說開題報告。
我認為開題報告更不需要用“優秀”來衡量。
事實上，如果開題委員會的專家問了你很多問題、給出你很多意見，對你而言是好事。當然，如果整個idea行不通，就是失敗，意味著你必須要重新選題。但是正常情況下，導師是不會任由行不通的idea走到開題那一步的。中期換題的事情也經常發生，因為開題畢竟只是你的“科研計劃”，是對“還沒有人做過的課題或還沒有人用過的方法”的一種構想，深入研究後發現此路不通是正常的。
有的課題相當具有挑戰性和前沿性，在座專家也是持研究與觀望態度的，建設性意見就多，反對通過開題的意見就少。如果是在座專家熟悉的領域而擔心準備不足不能順利通過開題，就要格外在增強“說服力”上下功夫。這不是說其它情況下不需要有強說服力——科研觀點有越強的說服力越好，本處只是特指標對科研入門者的策略。
說服力的問題放到第二部分討論。
關於開題報告的形成，題主@半相妨 其實已經理清了思路，總結如下——
做了哪些調研，最終定位在哪個open question 上 (方向)
這個open question 中，確定的研究物件是什麼 (課題)
對這個topic做到何種程度/做出何種結果有什麼預測(目的)
根據參考文獻和已有知識，準備怎麼研究(思路)
如何保證你的思路導向結果(方法與步驟)
那麼開題報告，就是把以上內容具體、清晰的表達出來(這個其實很難的)，接受你自己、導師和委員會的推敲。一般來講，學校都有表格(題目、選題緣由、文獻綜述、主要內容、目的和意義、思路與方法等等)，按要求填寫即可。這個模式就是幫你整理學術論文思路、構建論文結構與邏輯過程的 —— 這個過程也教你如何從“外部”“邏輯化”你的報告。
在開題結束之前，你至少要面對兩個物件：導師和開題委員會。如果你不能將自己看了文獻後有何收穫、想做哪個課題、計劃做到何種程度、目前有哪些思路、感覺哪些思路也可行等嚮導師表達清楚，他是沒有辦法指導你的。
我認為，入門者常犯的錯誤有——
文獻閱讀量遠遠不夠(卻覺得讀了很多)
核心文獻遠遠沒有吃透(卻以為徹底搞懂了)
只注重文獻內容，而忽略了文獻本身在理論體系構建、研究思路、邏輯的內在與形式表達上的可學習性
抱怨導師給的指導不夠或者導師的指導太模糊(導師就是要引導/逼你學會“鑽研”，他都幫你做了，那是他讀博還是你讀?)
忽略基礎知識 (因為早就學過了。試著新的高度去看基礎知識吧，估計不少考研的同學對反覆學習基礎課本的收穫最有體會)
我感覺，只是感覺，題主描述的”被導師揪出思維邏輯不緊密“的問題，大概是導師認為你不能清楚、有序的表達上述方面的內容。通俗的講，不管你腦子裡是不是清楚，你無法清晰、準確、有條理的講出來(而不是用something)，他才有那種評價。
那麼，我想建議題主思考下：
能否準確複述你讀過的重要文獻的主要內容
能否將上述內容用自己的話簡練概括出來
能否清楚、無誤地描述自己想做的課題
能否清晰、準確地描述自己的思路(不管對錯)
能否用通俗的語言給非專業人士講清楚你所做的研究的意義與用途
為了儘可能排除非母語表達造成的思路延滯，把以上問題換成寫呢?
當上述問題的答案都是“yes”，不妨再問問自己：你確定?真的確定?而不會被別人一個疑問問得支支吾吾解釋不了?別騙自己哦!
做開題報告，一般使用PPT。如果說寫開題報告是“加”的過程，做PPT就是“減”的過程，是你對課題再一次的梳理。務必不要累贅，只列舉要點與圖示，依靠語言描述內容。這一點很重要，流利的表述(甚至盲講)是“有說服力”的一個表現，可以增加印象分。這會給開題委員會一個印象：你對所研究的工作很熟悉，前期工作做得透徹。
實際上，你也要對開題內容十分熟悉，熟悉到正著、反著、倒著、變相地問，都能夠對答如流。熟練到你的題目可以自如的展開，也可以自如的收攏 —— 變為NP=P這種精煉的程度最好。
開題的準備工作中，很重要的一項內容就是，模擬委員會的提問，精心準備答案。
備用答案越多越好。
在我的經歷中，開題常見問題如下——
為什麼會選這個題(而不是其它的，比如相關但是更熱門的方向)
這個方向的國際性進展如何(確保別人不會比你先做出來)
這個課題的意義是什麼(衡量課題夠不夠博士學位的分量)
你為什麼要採用這樣的思路/方法/技術(沒有更優的方法了嗎)
你的創新性在哪裡(為什麼比已有結果先進)
你試過其它思路/方法/技術嗎 (萬一做不下去怎麼辦)
等等
你可以通過反問來推敲開題報告——
我的題目是不是太大(小)，超過了(涵蓋不了)研究結果?
主要文獻支撐得住我的題目嗎?
Plan B是不是比Plan A好?
思路與方法契合嗎?
目前設計的步驟能達到論證/實驗目的嗎?
課題體系中出現引用的關鍵定理/結果不適用的情況怎麼辦?