生物與環境工程學院下設生物化工、環境工程、食品科學、發酵工程和微生物學5個學科，其中生物化工和環境工程分別是浙江省重點扶植學科和學校重點學科。擁有生物化工、發酵工程和環境工程3個碩士點，生物工程、生物技術、環境工程、食品科學與工程及製藥工程(生物製藥)五個本科專業，還培養環境工程、生物化工專業的工程碩士。現有教職工近60人，其中中國工程院院士1人、教授7人、博士近10人。
學院倡導“求實、創新”的院風。在人才培養方面，注重基礎理論教育和實踐能力培養，形成了碩士生和工程碩士生、研究生、本科生及大專生等多層次的培養體系，歷屆畢業生大多數已在有關工廠及科研、教育等企事業單位發揮著重要的骨幹作用。學院旨在振興和發展本省經濟，培養理論與實踐相結合的全面發展的生物工程、生物技術、環境工程、食品科學與工程以及生物製藥等領域的高階技術人才。
在科學研究和工程開發方面，生物化工學科主要開展生物細胞大規模培養、生物反應過程的研究、生物產物分離與純化、新酶種的開發與應用、新生物醫藥品和生物農藥品的研製以及化學品化學結構的生物法改造、生物反應過程裝備等研究開發工作，承擔國家攻關、省重大攻關等一系列專案，在微生物轉化法生產大宗化工原料、微生物源生物農藥、生物製藥、生物過程裝備等方面處於國際先進或國內領先水平，獲得國家科技二等獎、浙江省科技進步獎等獎項多項。發酵工程學科主要開展微生物菌種的篩選、用基因工程手段改良微生物菌株、酶製劑的生產與應用、食品與食品新增劑的生物法生產、生物活性物質的提取與純化、環境生物技術等方面的研究工作，承擔了省自然科學基金、國家環保局等一大批專案，在酶與細胞的固定化技術、產酶菌株的發現與改良、發酵工藝過程的優化與控制等方面處於國內領先或先進水平。
獲得過浙江省科技進步二等獎等獎項多項。環境工程學科主要開展水和大氣汙染控制、固廢物處置新技術的研究和開發，以及噪聲治理、環境影響評價工作，承擔了一批國際合作和國家基金等專案的研究，在“環境中汙染物的生物降解”、“廢水的超臨界法處理”等研究領域分別處於國內領先和國內先進水平，持有廢水、廢氣治理工程乙級證書和建設專案環評乙級證書。食品科學學科主要開展食品加工用的新酶種生產、發酵法生產食品與食品新增劑、植物細胞培養生產營養功能食品、酶法加工食品、食品加工中的分離工程技術、食品新營養功能資源的研究、食品資源深度加工利用、食品資源功能成分的研究。承擔了省自然科學基金、省重點科研專案及工廠委託的一大批研究專案，取得了包括省政府科技進步獎等一系列成果。微生物學學科主要開展基因工程技術及應用的研究，培育各類工業微生物生產菌種篩選、工業“三廢”降解菌及土壤再生菌。承擔了一批省部級專案，取得了一批國內領先的成果，在國內外知名雜誌上發表了一批學術水平較高的論文。學院在這五個學科領域開展了大量的研究工作，2000年科研專案總經費470萬元;近五年發表的論文被SCI、EI收錄17篇次、獲省部二、三等獎7次;科研成果得到推廣應用，為浙江省的生物化工、環保、食品、製藥等行業的發展作出了較大貢獻。
學院下屬五個研究所，分別是生物工程研究所、環境科學與工程研究所、營養食品研究所、發酵工程研究所、釀酒研究所;下屬一個發酵工學中試車間(與日本Santury公司聯建)和一個省級製藥工程研究中心。