現行預算會計制度自實施以來，對社會經濟的發展、國家財政管理起到了一定的作用，但是，隨著經濟體制改革和財政支出管理體制改革的深人發展，現行的預算會計制度的諸多問題和矛盾逐漸暴露出來。
一、現行預算會計制度的侷限性
(一）難以真實反映核算結果
《事業單位會計準則》中規定：“會計核算一般採用收付實現制，但經營性收支業務可採用權責發生制”，可是，事業單位運用權責發生制的核算範圍有限，一般不待攤和預提費用。預算單位的收人是指為開展業務活動及其他活動依法取得的非償還性資金，只要單位已提供了需求並已取得收取款項的權利就應確認為收人，如按收付實現制處理，則把本期的事業收人計人下一期；同樣，事業單位的支出，只要接受了對方提供的產品或勞務並已取得支付款項的權力，就應確認為支出，按現行規定處理，則會把本期支出轉到下一期，不能真正反映本期收支結餘的真實情況。再如，實行政府採購和國庫集中支付制度後，會出現採購環節和付款環節相分離，由於政府採購對物品的驗收、專案的實施與貨款的支付存在時間上的差異，一些工程專案的餘款支付一般要到工程全部結束驗收合格，甚至在保修期結束後才能支付，按現行的預算會計制度規定處理，在支付款項跨年度時，會帶來較嚴重的賬實不符。對財政總預算會計來講，會出現預算支出資訊未能如實、完整地反映政府支出的真實情況。
(二）難以進行績效分析和考核
隨著社會主義市場經濟建立和經濟、社會的發展，預算會計具有的核算、反映、監督、預測、調控和參與決策的職能也隨之相應拓寬和發展。但是預算會計長期受“資金無償使用”和“不核算成本”的觀念影響，只講使用，不求效益的現象普遍存在。
長期以來預算單位主要依靠政府撥款來完成行政和事業任務，主觀上強調的是社會效益，往往難以用經濟效益來衡量，但不等於可以忽略經濟效益。
客觀上，現行的預算會計制度處理上有問題。如預算單位的固定資產原則上不提折舊，且固定資產發生的大修理費用也是在發生時形成支出，這種處理的弊端是：
(1)在固定資產形成後，一次性打人費用支出，不能如實反映當期的收支結餘，會在一定時期內的歷年結餘中出現長時期赤字。
(2)固定資產不提折舊，在《資產負債表》上反映的是原始價值，沒有體現淨值，虛增了資產;再如，按規定，只有在經營性業務的會計處理中進行成本核算，而按經濟發展的需要，政府要求預算單位對預算執行要進行績效分析和考核，就要在當期的收人和支出相配比的原則下，才可進行較完整、全過程的分析，但往往收人與支出發生不在同一時期、而支出發生和實際支付也不在同一時期，不能正確、完整地反映政府提供公共產品和服務的實際效率。
(三）一些會計科目的核算內容不相適應
按現行的《行政單位會計制度》規定，“收人”類科目的設定只有三個:一是“撥人經費”科目，核算由財政部門或上級單位撥人的預算經費。二是“預算外資金收人”科目，核算財政專戶撥人的預算外資金和經財政部門核准留用的預算外資金。三是“其他收人”科目，核算零星雜項收入、有償服務收入以及利息收入等，而對於上級單位撥人的業務和專項經費等需要單獨反映的無法核算，致使單位只得納入“暫存款”核算;對“預算外支出”只是採用統計口徑，按比例來填制會計報表，脫離了實際支出；對“專項支出”的核算，是按用途分佈到支出的各級科目，對在《財務規則》中要求專項“單獨核算”，而《會計制度》卻沒有明確的規定，新的制度又沒有及時跟上，給實際操作帶來問題，也給財政部門進行專項跟蹤管理、對公用經費開支的調査等監管帶來了難度；目前，事業單位接受外單位投資的業務也日益增多，而現行制度中，沒有接受投資的核算內容，只能放在“其他應付款”核算，混淆了負債和所有者權益的界限。
二、對現行預算會計制度改革的措施建議
在當前經濟全球化，中國加人WTO的情況下，預算單位的會計要進一步實現與國際會計慣例接軌已勢在必行，對現行的預算會計制度不相適應的部分儘快進行修訂和完善。筆者就這一方面的改革措施提一些粗淺的建議。
（一）部分地引進權責發生制的收支確認原則對行政機關和一些沒有其他資金來源、全部由政府撥款補助的事業單位，可繼續實行收付實現制。
對資金來源實行政府部分補助形式的事業單位，可採用半權責發生制來處理日常收支業務，即對政府撥款的收支部分可以採用收付實現制，而對自行組織的.一些事業業務收人和發生的支出引進權責發生制的確認原則；對完全靠自行組織收人、政府不補貼的事業單位，如一些改制後的企業化管理的事業單位、民辦學校、私立醫院等可完全採用權責發生制。事實上，現行的《事業單位會計制度》已設計了“應收賬款”、“應付賬款”、“預收賬款”、“預付賬款”等會計科目，為上述單位實行權責發生制奠定了條件。
對政府採購和國庫集中支付的款項，由於按照規定，財政總預算會計對當年度的預算安排，無調整因素的在年終決算前必須全部執行，不得跨年度支付，預算單位在作財政撥款收人的同時，也作相應支出處理。引進了權責發生制原則後，上述問題也就迎刃而解，可正確反映預算年度結餘的真實結果。
（二）對預算會計引進管理會計的理念
由於預算單位的資金來源主要為財政性資金，國家作為最大的出資者，理應十分關注這塊資金的核算、使用、管理和效益，應站在國家利益和事業發展的高度，來考核和重視經費的使用效果。
長期以來，預算單位會計主要為預算管理服務，而對內部管理的重要性沒有很好地體現出來。因此，建議引人管理會計這一企業管理的重要手段來滲透到預算會計管理中來。
首先，建立健全內部控制制度，這將成為管理會計的重要組成部分，是控制經濟活動、提供經濟資訊，考核經濟效果的基本手段;其次，預算單位在運用管理會計時，可利用標準成本、定量分析、差異分析等科學方法來加強內部管理，進行績效考核和分析。
（三）對一些會計處理和科目設定進行修訂
1.建議對事業單位的固定資產採用折舊政策。可取消“固定基金”科目，在資產負債表上“固定資產”專案下設定一個“貸”記專案“折舊”,購進固定資產時，借記“固定資產”科目，貸記“銀行存款”科目，每月按年限法計算出折舊額，借記“事業支出”科目，貸記“折舊”科目。這樣既能反映固定資產淨值，又能真實反映單位的財務狀況和結餘，也便於與稅收政策銜接，減少不必要的納稅調整。
2.對行政單位按業務需要增設一些“收人”、“支出”類科目。如“上級補助款”、“對下級補助”等科目，避免將“暫存款”、“暫付款”作為收人、支出的“防空洞”和“調節器”。
3.可在“事業基金”科目下設一個“實收資本”科目，事業單位在接受投資時，可借記“銀行存款”、“固定資產”、“材料”等科目，貸記“事業基金——實收資本”科目。
4.“收支總表”上“預算外支出”專案的設定已不符合改革的方向，按照收支統管的原則，收人按來源、支出按用途,不管什麼資金來源,應統籌使用，不再一一對應來源。再者，按統計口徑來計算預算外支出，也不盡合理，因此建議在會計報表上取消“預算外支出”專案。