（一）員工執行規章制度，存在盲區風險
綜合櫃員制強調單人臨櫃，櫃員可以獨立為客戶辦理本外幣對公、儲蓄、信用卡等多種
金融業務，這就要求櫃員對這些業務的規章制度比較熟悉，能夠全面掌握並運用於工作實踐中。而商業銀行長期以來會計人員與儲蓄人員之間的崗位交流開展甚少，有的只熟悉本崗位業務，對其他崗位的業務知識缺乏實踐經驗，這勢必導致綜合櫃員由於規章制度不熟而產生操作風險。
（二）員工櫃面操作，存在系統流程風險
綜合櫃面系統取消了複核制度，這就要求櫃員對櫃面系統的交易和業務處理流程非常熟悉，知道什麼交易實現什麼功能，什麼業務適用什麼交易，該採取怎樣的業務處理方式。如果對交易和業務處理流程不熟，勢必在工作中會出現用錯交易、走錯流程的現象。交易、流程一旦錯誤，會計分錄也跟著錯誤，資金流向也發生錯誤，由此帶來風險。
（三）員工崗位管理模式，存在道德和操作風險
與原來強調“人員分離”的風險控制觀念不同，綜合櫃員在風險控制方面注重強調“崗位分離”，即設定櫃員、綜合櫃員、業務主管三個崗位，通過同一業務在崗位之間的相互制約來達到風險控制目的。如果在工作中不嚴格按照崗位制約的要求將二分管或三分管的業務在不同崗位之間進行分工，譬如將銀行匯票、匯票專用章、壓數機和密押器交於一人保管，就很難控制個別人乘機作案的風險，由此造成銀行資金損失。
（四）IC卡和密碼口令，存在管理不善風險
綜合櫃面系統通過IC卡進行櫃員身份認證，也通過IC卡實現授權和崗位制約。如果櫃員在工作中不注意保管好自己的IC卡和口令密碼，將IC卡隨意亂放，輸入密碼時不謹慎被他人偷看，不定期修改密碼，甚至將口令密碼告知他人，那麼，就很容易被不法分子有機可乘，給銀行帶來資金損失。
（五）執行授權制度，存在執行不力風險
綜合櫃面系統的業務授權管理採取“系統和人工相結合”的方式進行。系統授權是指系統根據以標準引數形式設定的授權條件自動判斷出需要授權的業務，並提示授權人通過劃卡並輸入密碼的方式進行授權；人工授權是指對於實際管理要求高於系統設定的最高授權許可權範圍的業務，應由授權人通過對有關憑證進行稽核簽字的方式進行授權的行為。如果在實際工作中不嚴格按授權管理的規定執行，該由人工授權的業務未經有權人簽字授權，該由系統授權的業務，授權人未將櫃員錄入要素與原始憑證核對，甚至將IC卡直接交於他人，由他人代行授權職責，那麼，同樣會給銀行帶來風險甚至資金損失。
