傳統的內部控制制度是為防止舞弊和差錯而形成的以內部稽核和相互牽制為核心的工作制度。由於內部控制理論的發展和資訊科技的廣泛應用，賦予了其新的內涵，發展成為以系統安全保障和控制相結合的控制體系。隨著資訊時代的到來，內部控制系統可以分為系統控制與管理控制兩大類。
一、系統控制
系統控制是指與程式設計、執行維護、資料處理過程、硬體裝置等相關的可靠性控制制度。根據資訊科技應用下的企業內部控制中新的控制風險，企業應加強在這幾方面的控制力度。
它包括一般控制與應用控制。一般控制幫助管理階層確保系統能持續、適當地運轉，具體含有應用系統開發、建立和維護控制，系統軟體與操作控制，資料和程式控制、存取安全控制、網路安全控制等。應用控制是對資訊系統中具體的資料處理活動所進行的控制，包括應用軟體中的電算化步驟及相關的人工程式，劃分為輸入控制、計算機處理與資料檔案控制和輸出控制。
二、管理控制
管理控制是運用現代管的組織規劃、資源使用限制等原理，制定的諸如業務流程、工作程式、崗位設定、職責分工、授權批准等一系列內部管理制度。資訊科技的引進以及現代的嶄新變化，使我們要在以往內部控制形式上注入新的特色。
1.完善內部控制環境，培養企業整體的資訊科技能力。
企業為了適應控制環境的變化，需要從一個新的角度來看待資訊科技，要重視公司進行網路化管理的整體的IT能力，而不是簡單的建立諸如儲存系統、存貨控制系統等幾個孤立的IT系統。
(1)建立健全組織結構與權責分派體系。
一般而言，內部控制的建設體現在兩個方面：一是健全的結構，這是內部控制機制產生作用的硬體要素；二是各個內部機構間、各經辦人員間的科學分工與牽制，這是內部控制機制產生作用的軟體要素。網路技術突破了資訊傳遞和資訊處理的瓶頸，管理的幅度增長，層次減少，高聳性的組織結構逐漸趨於扁平。隱藏在這一表徵後面的實質是從根本上對組織的人員和職能之間的關係的重新界定。
(2)強調內部控制框架中的“軟控制”與人的重要性。
內部控制由人來進行並受人的因素影響，保證組織內所有成員具有一定水準的誠信、觀和能力的資源方針與實踐是內部控制有效的關鍵因素之一。實踐表明，基於環境現狀構建內部控制機制是一種被動性的做法，故此，我們應越來越重視將道德規範、行為準則、能力素質的建設直接納入內部控制結構的內容，更加強調“軟控制”的作用。在資訊科技環境下，企業尤其應該注重培養組織中人員的資訊觀念，理解企業資訊化建設和管理改革、內部控制創新之間的關係，並重視和實現這個改革。
資訊時代同樣是知識經濟的時代，企業發展將主要依靠科技、知識與人才。“人本主義”作為構建內部控制機制的信條已經越來越多地被企業接受，企業管理者應當重視對人員的選擇、使用和培養，這不再單純只是內部控制的環境因素，它也日益成為內部控制結構的有機組成部分。
2.評估與現行的業務過程和資訊過程有關的風險，採用現代資訊科技設計特定的控制程式。
對於內部控制的研究不可能脫離其賴以存在的環境及企業內外部各種風險因素，而必須從環境及其風險的分析入手。在內部控制制度下，先識別內部控制的目標，然後提出一系列相適應的控制政策和程式，某些風險需要特定的控制程式來控制。在IT高速發展的今天，資訊的、處理和反饋的速度都大大加快了，由此導致企業會常常同時改變業務和資訊過程，在這個改變過程中，不能再盲目地採用傳統的控制政策和程式，而必須重新評價它，以適應新業務發展的需要。我們應把注意力集中在評估特定業務環境下的風險，而不是拘泥於特定的控制程式。
例如，職責分離是內部控制的一個重要組成部分。傳統上，控制程式將不同的責任分派給不同的人員以期達到互相牽制。但隨著IT的發展，許多傳統上由人來做的工作可以由來代替，自動控制處理代替了分離的人的角色，從而消除了一個人執行兩項不相容的工作的風險。當然，計算機環境下也要有職責分離，例如，一旦某種軟體被安裝並用於執行某項功能以後，它的編碼、執行和維護職責就必須相分離。應當說，職責分離仍然是形成內部控制的重要程式，但在IT背景下，這個程式的適用方式發生了變化。
所以，資訊科技環境下的企業需要分離新的職責，取消舊的職責，以反映用來設計和執行系統的手段的更新。由此可見，為了不斷改善內部控制，使其保持高標準，應識別與更高過程相關的風險，並制定相應的控制程式以有效地降低風險。而不能讓特定的控制程式限制了對技術的使用，使用技術將會使業務執行的效率和準確率更高。
3.控制手段中應充分引入資訊科技，增強內部控制。
一個有效的內部控制制度需要性的、檢查性的和糾正性的控制。企業一旦檢查出了錯誤和舞弊，應該糾正其影響；同時制定預防性控制措施以確保錯誤和舞弊不再發生。如果能事先預防錯誤和舞弊而不是事後檢查和糾正，這樣的內部控制制度將給企業帶來更大的價值。傳統的內部控制制度通常是根據已輸出的`會計資訊在年末檢查錯誤舞弊，大部分的內部控制的預防功能被限制了，這也同時影響了企業的所有者和經營者對內部控制制度的理解和重視程度。在資訊科技環境下，廣泛地使用資訊科技為支援決策和改善業務與資訊過程提供了戰略機會，也提供了預防、檢查和糾正錯誤或舞弊的機會。我們今天的技術水平已能在計算機中加入晶片，隨時監控你的工作和執行程式，在你犯錯或程式出現問題時及時提示你該做什麼，或與技術支援相聯絡，向他們報告問題。因此，會計與人員在建立內部控制制度時，應充分考慮技術的能力，打破傳統上獨產的、反映的和檢查性的模式，而具備“實時”的控制思想：即利用資訊科技將控制嵌入到會計資訊系統中，在更廣泛的IT環境中來看待企業內部控制，針對關鍵控制點制定相應的控制手段，強調預防、業務操作和對規章制度的遵守情況，從傳統管理的發現問題事後補救的做法，發展為做到事前預防和事中控制。
4.加強對會計資訊系統的控制。
隨著計算機在會計工作中的普遍應用，管理部門對由計算機產生的各種資料、報表等會計資訊的依賴越來越大，這些會計資訊的產生只有在嚴格的控制下，才能保證其可靠性和準確性。同時也只有在嚴格的控制下，才能預防和減少計算機犯罪的可能性。
資訊科技為達到記錄、維護和產生精確、完整和及時的資訊這一目標帶來了機遇。但是，當企業在系統的開發與應用時，應更加強調：在業務活動發生時，在有關資料進入企業資料庫之前，檢查這些資料的精確性、完整性和合法性。如果不恰當的資料出現在記錄和維護過程中，將會對公司造成某種程度的傷害。一句老生常談的話：垃圾進，垃圾出。如果不精確、不完整、不合法的資料被記錄和維護，結果會影響以後的所有處理，包括錯誤的報告和資訊利用的質量。
5.定期評估，重新設計規則。
新的技術帶來了新的大部分人還沒有意識到的風險，內部控制系統必須經常評估和更新。
沒有哪一套規則在環境發生變化時還能很好的適應，所以，對專業人員來說，評估內部控制的有效性是非常重要的。既然控制程式和企業具體環境相關，當新的業務和資訊流程提出後，控制目標應當保持不變，但為達到該目標的具體控制措施必須改變以適應新的環境，不要讓內部控制程式限制能使企業執行更加有效的技術的使用。
6.正確處理傳統內部控制方式與新型內部控制方式的關係。
隨著計算機、網路等資訊科技在會計中的廣泛應用，一些傳統的核對、計算、儲存等內部會計控制方式都被計算機這個新型內部控制方式輕而易舉地替代。但任何先進手段都是被人所指揮、所掌握，一些傳統的企業內部會計控制制度如職務分離控制、業務程式控制等仍有自身生存和發展的土壤，仍將有效地發揮自己的積極作用。在採用新型內部控制手段時，要結合堅持傳統有效的內部控制方式。否則，已經出現多起的利用高新技術和電腦舞弊犯罪之類的活動還會繼續在我們身邊發生。
新經濟，新技術使企業的執行環境發生了根本性的變化，它給企業帶來風險的同時也帶來了控制風險的機會與工具。會計職業界應在傳統的控制觀念基礎上，充分利用資訊科技，開展內部控制的創新工作，建立與時代相適應的內部控制制度，滿足企業管理的需要，為企業帶來更大的價值。