獨立性是一切審計工作的靈魂，是審計的本質。我國註冊會計師《職業道德準則》明確要求“註冊會計師執行審計業務或其他鑑證業務，應當保持形式和實質上的獨立”。從近期國內外證券市場發生的一系列重大案件來看，註冊會計師的獨立性備受社會公眾關注，註冊會計師在執業過程中如何保持形式和實質上已成為註冊會計師職業存在和發展的關鍵因素。
一、獨立性的定義
獨立性包括實質上的獨立性與形式上的獨立性兩個方面含義。所謂“實質獨立性”主要指審計師的一種精神態度，即在工作中不使自己的判斷受他人左右，不受個人偏見與雜念的影響，完全客觀公正地形成審計意見；所謂“形式上的獨立性”主要指審計師的一種社會形象，即審計師在組織地位與客戶關係方面獨立於會計報表編制人，從而保證審計工作客觀公正。
實質上的獨立和形式上的獨立是兩個不同的概念，但有時又密不可分。實質上的獨立性是無形的，難以測量的；而形式上的獨立性是有形的，可以觀察的。註冊會計師在執行審計業務時，不僅要保持實質上的獨立，而且要保持形式上的獨立。因為實質上的獨立只有當註冊會計師在整個審計過程中真正保持中立（即不偏不倚）時才成立，而形式上的獨立則是社會公眾對註冊會計師獨立性評判的結果。在現實中，即使註冊會計師確實保持了實質上的獨立，但如果社會公眾認為其偏袒了委託人或其他任何一方而有失形式上的獨立，則審計結果再正確也是徒勞，他的服務也會喪失其價值。因此，前者是後者的前提和基礎，後者是前者的確認和保障。
審計獨立性作為審計質量的內涵特徵，只有程度高低的差別而沒有“有與沒有”的差別。任何審計師都不可能達到百分之百的獨立。要求受聘於公司管理者的審計師在發表審計意見時完全不受管理者意願的影響是不現實的。審計獨立性程度的高低差別是構成審計質量差別的最重要因素之一。
二、影響註冊會計師獨立的因素
影響註冊會計師獨立性的情況較多，綜合來講主要包括以下幾方面：
1、非審計服務對審計質量的影響
雖然非審計服務只是影響審計獨立性的一個可能因素，但並不必然導致審計獨立性的降低。但通常諮詢服務等非審計業務的收費遠高於審計業務，會計師事務所通過向客戶提供諮詢意見等服務獲取高額收入，在此情況下，如果註冊會計師再執行審計業務，可能會很難如實發表審計意見。
2、為獲取高額收入，註冊會計師跳槽到其審計的客戶中工作的現象時有發生。這種職業選擇可能導致註冊會計師在從業期間向客戶作出不恰當的承諾。
3、審計人員在被審計單位有其他的經濟利益，如近親屬在被審計單位工作等。
三、註冊會計師的獨立性對審計風險的影響
審計判斷績效受到作為判斷主體的審計人員、作為判斷客體的審計任務和作為形成判斷的具體審計環境等因素的影響，即審計判斷績效是審計人員、審計任務和審計環境的函式，而影響判斷主體審計人員的因素又包括性格、智力技能、陳述性知識和努力程度等，但保持審計人員的獨立性是審計判斷績效的的基本前提。
獨立審計準則將成為界定註冊會計師責任的重要依據。2002年1月15日，最高人民法院下發了最高人民法院審判委員會第1201次會議通過的《關於受理證券市場因虛假陳述引發的民事侵權糾紛案件有關問題的通知》。這標誌著我國證券市場民事賠償機制正式啟動。可以預見，涉及證券市場虛假陳述案件的會計師事務所和註冊會計師的民事訴訟將會進一步增多，這也是我國註冊會計師的執業環境發展的一個重大轉折。這種形勢下，全行業在提高風險責任意識的同時，必須大力增強法律意識，嚴格遵守獨立審計準則，依法維護自身的合法權益。
同時，審計獨立性本身也應視作一種風險，一方面要求在行業管理中應進一步規範註冊會計師的執業行為，不斷強化註冊會計師的履約責任，儘量減少報表使用者的決策風險；另一方面也有必要時刻提醒報表使用人，註冊會計師的審計工作不是對被審計單位會計報表公允性的擔保，也不能成為報表使用人進行決策的避險工具。作為社會分工的一部分，註冊會計師存在的價值在於其所減少的經濟系統的風險大於由於其存在而增加的成本，從而對整個社會而言是有益的。註冊會計師的工作可以幫助報表使用人減少決策風險，但決不能消除決策風險。利用註冊會計師審計後的會計報表作出決策，任何時候都應當謹慎。如此可能有助於人們對註冊會計師行業的更正確認識，有利於為註冊會計師行業營造一個相對寬鬆的環境。
四、如何在實踐中保持審計獨立性
1、會計師事物所和註冊會計師應當採取必要的措施以消除損害獨立性因素的影響或將其降至可接受水平。當採取的措施不足以消除或將其降至可接受水平時，會計師事務所應當拒絕承接業務或解除業務約定。
2、提高註冊會計師的'職業道德水平，加強註冊會計師的外部監督。
3、加強會計師事務所的改制力度，儘快推出合夥制會計師事務所，引進國際大型跨國會計師事務所的組織模式和管理經驗並在國內加大介紹和推廣力度。目前國內的會計師事務所絕大多數都採取有限責任形式，不僅不利於與國際會計市場接軌，也不利於從權、責、利的機制出發推行高水準的審計準則。因為有限責任形式仍以資本為基礎，出資人除了獲得知識收益外，還有資本收益，但卻只需要承擔與知識收益相對應的風險。於是出資人與非出資人同時作為市場主體出現在會計市場上時，風險和收益就會不對稱。出資人往往是會計師事務所的控制人或管理者，當需要權衡風險與收益時，這些出資人可能出現因受資本收益的驅動而放棄或者適度放棄高水準的審計準則的情況。只有改有限責任制為合夥制，才能確保中國會計市場能夠採用高水準審計準則提高服務質量和服務水平，樹立註冊會計師行業在社會公眾中應有的信譽。
4、適當開拓非審計服務市場。適當開拓非審計服務業務可以增加事務所的收入，使事務所有可能增加審計過程的資源投入，從技術上提高審計服務質量，審計師同時提供兩種服務可以通過創用CC提高效率，可提高事務所的聲譽資本價值，有利於事務所建立品牌。但關鍵在於適度，即：對同一公司的審計和非審計業務，不能使事務所對企業形成經濟上的依賴。
五、註冊會計師在執業中保持獨立性的基本要求
（1）對審計涉及的所有事項都應持客觀公正、實事求是的態度，一切從實際出發，不允許存在偏見、偏袒。
（2）在審計準備過程中，審計師應對選擇何種審計技術，運用何種工作程式，對審計小組人員的分工等無偏見地加以控制。
（3）在審計實施過程中，審計師應對審查的範圍、重點作出無偏見的安排。應完整、客觀地收集證據，保證證據的完整性、客觀性、相關性、充分性和合法性。聘請專門機構或專門人員對特定問題進行鑑定、向專家諮詢或與非審計人員合作時，應確保不影響審計師的獨立性和客觀性。
（4）審計師發表審計意見、作出審計結論時，要以事實為依據，考慮客觀存在的事實及其影響和後果，按照收集的審計證據，依照相應的法律、法規、規定，客觀公正地作出審計判斷，實事求是地進行審計評價。