成本預算
大部分專案管理系統系統都可以用來獲得專案中各項活動、資源的有關情況。人員的工資可以按小時、加班或一次性來計算，也可以具體明確到期支付日;對於原材料，可以確定一次性或持續成本;對各種材料，可以設立相應的會計和預算程式碼。另外，還可以利用使用者自定義公式來執行成本函式。大部分軟體程式都應用這一資訊來幫助計算專案成本，在專案過程中跟蹤費用。專案過程中，隨時可以就單個資源、團隊資源或整個專案的實際成本與預算成本進行對比分析，在計劃和彙報工作中都要用到這一資訊。大多數軟體程式可以隨時顯示並打印出每項任務、每種資源(人員、機器等)或整個專案的費用情況。
日程表
日程表程式主要用來對專案中各個單項資源或一組資源確定工作時間。可以用這些日程表計算出專案的進度計劃。大部分系統軟體都對基本工作時間設定一個預設值，比如星期一到星期五，早上8點到下午5點，中間有一小時的午餐時間。對於各個單項資源或一組資源，可以修改此日程表。例如：修改上、下班時間，按非工作時間輸入公司假期，輸入各種換班(白天、夜晚)，包括節假日以及數量單位(小時、天、周)。彙報工作程序時要用到這些日程表，它通常可以根據每個單項資源按天、周或月打印出來，或者將整個專案的日程列印成一份全面的，可能有牆壁大的專案日程表。
電子郵件
一些專案管理系統程式的共同特徵是可以通過電子郵件傳送專案資訊。這一功能使得使用者不必通過印表機或螢幕顯示，直接從電子郵件中獲得資訊。通過電子郵件，專案團隊成員可以瞭解重大變化，比如最新的專案計劃或進度計劃，可以掌握當前的專案工作情況，也可以發出各種業務表格。
圖形表格
對於有大量活動事項的專案工程，人工製出一份甘特圖或網路圖，或人工進行修改製圖是一件極其乏味而又容易出錯的工作。當前專案管理系統的一個最突出的特點是能在最新資料資料的基礎上簡便、迅速地製作各種圖表，包括甘特圖及網路圖。有了基準計劃後，任何修改就可以輕易地輸入到系統中，圖表自動會反映出這些改變。專案管理系統可以將甘特圖中的任務連線起來，顯示出工作流程。特別是使用者可以僅用一個命令就在甘特圖和網路圖之間來回轉換顯示。另外，圖形和表格通常有以下功能供使用者使用：
進行任務和關係的互動式操作處理。例如，通過圖表連線任務，改變優先關係或通過擴充套件活動持續顯示功能來改變活動持續時間。
定製格式，例如圖形大小、標題、顏色、字型以及檔案佈局。
顯示任務或成本的基準對照表。
突出關鍵路徑，顯示出任何活動的延緩。
放大或縮小顯示影象。
資料轉換
許多專案管理系統包允許使用者從其他應用程式，比如文書處理、電子表格以及資料庫程式中獲得資訊。為專案管理系統輸入資訊的過程叫做轉入。例如，你只需在需要時轉入某個電子表格的資訊就可以了，而大可不必將電子表格中有關人員或機器的成本資訊重新鍵入專案管理系統程式，而且這樣還可能會輸入相互衝突或錯誤的資料。同樣地，常常也要把你的專案管理系統的一些資訊輸入到這些應用程式中去。發出資訊的過程叫做轉出。例如，可能要把對某一承包商的進度計劃報告轉出到文書處理備註檔案中。
絕大部分專案管理系統程式允許把標準ASCⅡ碼中的資訊檔案從Windows Clipboard轉出到SQL database, Lotus, Excel, Microsoft Project Exchange, OLE client/server, DDE client/server 以及一些其他系統中。
多項處理
有些專案規模很大，需要分成較小的任務集合或子專案。另一種情況是經驗豐富的專案經理同時管理好幾個專案，而且，團隊成員也同時為多個專案工作，在多個專案中分派工作時間。在這種情況下，大部分專案管理系統程式能提供幫助。它們通常可以將多個專案儲存在不同檔案裡，這些檔案相互連線。專案管理系統也能在同一個檔案中儲存多個專案，同時處理幾百個甚至幾千個專案，並繪製出甘特圖和網路圖。
製作報表
專案管理系統包在最初應用時，一般只有少數報表，通常是列表總結進度計劃、資源或預算。今天，決大多數專案管理系統包都有非常廣泛的報表功能。下面列出一些可製作的報表內容：
專案全面彙報報表。
專案主要階段(里程碑)報表。
一定時期內的各種資訊，例如這一時期內完成和正在進行的任務，以及準備開始的'任務。
財務報表，顯示全面的資訊，包括所有任務、整個專案預算、超支情況、累計預算成本、實際成本以及承付款項。
成本/進度控制系統準則(c/scsc)報表。通常美國國防部進行國防專案時要求使用這個報表。
對專案的各種或一組資源進行資源配置報表。
定製的標準報表、交叉報表、變數基準對比表。
資源管理
專案管理系統都有一份資源清單，列明各種資源的名稱、資源可以利用時間的極限、資源標準及過時率、資源的收益方法和文字說明。每種資源都可以配以一個程式碼和一份成員個人的計劃日程表。對每種資源加以約束，比如它可被利用的時間數量。使用者可以按百分比分為任務配置資源，設定資源配置的優先標準，為同一任務分配各個資源，並保持對每項資源的備註和說明。系統能突出顯示並幫助修正不合理配置，調整和修勻資源配置。大部分軟體包可以為專案處理數以千計的資源。
計劃分類
在所有專案管理系統包中，使用者都能界定需要進行的活動。正如軟體通常能維護資源清單，它也能維護一個活動或任務清單。使用者對每項任務選取一個標題、起始與結束日期、總結評價，以及預計工期(包括按各種計時標準的樂觀、最可能及悲觀估計)，明確與其他任務的先後順序關係以及負責人。通常，專案管理系統中的專案會有幾千個相關任務。另外，大部分程式可以建立工作分析結構，協助進行計劃工作。
監督跟蹤
專案管理的一項基本工作是對工作程序、實際費用和實際資源耗用進行跟蹤管理。大部分專案管理系統包允許使用者確定一個基準計劃，並就實際程序及成本與基準計劃裡的相應部分進行比較。大部分系統能跟蹤許多活動，如進行中或已完成的任務、相關的費用、所用的時間、起止日期、實際投入或花費的資金、耗用的資源，以及剩餘的工期、資源和費用。關於這些臨近和跟蹤特徵，管理軟體包有許多報告格式。
進度安排
在實際工作中，專案規模往往比較大，人工進行進度安排活動就顯得極為複雜了。專案管理系統包能為進度安排工作提供廣泛的支援，而且一般是自動化的。大部分系統能根據任務和資源清單以及所有相關資訊製作甘特圖及網路圖，對於這些清單的任何變化，進度安排會自動反映出來。此外，使用者還能排程重複任務，制定進度安排任務的優先順序，進行反向進度安排(從末期到日首期)，確定工作輪班，排程佔用時間，排程任務，確定最晚開始或儘早開始時間，明確任務必須開始或必須結束日期，或者是最早、最晚日期。
保密功能
專案管理系統一個相對新穎的特點是安全性。一些系統對專案管理包自身、單個專案檔案、專案檔案中的基本資訊(例如工資)均設有口令密碼。
排序篩選
利用排序，使用者可以按隨心所欲的順序來瀏覽資訊，比如從高到低的工資率，按字母順序的資源名稱或任務名稱。大部分程式有各種排序方式(例如：按名、姓等)。篩選功能幫助使用者選擇出符合具體準則的一些資源。例如，某些任務要用到某種具體資源，使用者如果想了解這些任務的有關資訊，只需命令軟體程式忽略未使用這種的任務，而只把用到這種資源的任務顯示出來就可以了。
假設分析
專案管理系統一個非常實用的特點是進行假設分析。使用者可以利用這一特點來探討各種情形的效果。在某一專案的一些節點上，使用者可以向系統詢問："如果拖延一週，會有什麼結果?"系統會自動計算出延遲對整個專案的影響，並顯示出結果。例如，某個建築專案，要研究木材消耗率上升15%將發生什麼結果，承包商只要把這一變化輸入計算機，所有的相關費用成本就能顯示出來。幾乎可以對專案中所有變數(人員、工資率、成本)進行測試，觀察發生具體情況的影響。這種分析能使專案經理更好地控制有關專案的各種風險。