心理分析的基本理論主要有：無意識理論；性心理理論；精神結構理論。
（1）關於無意識理論
無意識有兩個含義：一是指人們對自己的一些行為的真正原因和動機不能意識的；二是指在人們的清醒意識下面還有一個潛在的心理活動在進行著。
弗洛伊德的無意識是動力的無意識，認為在人的無意識中存在著動機、慾望和壓抑力量之間的衝突關係，它是動態的而不是靜止的。
在無意識概念形成的時候，弗洛伊德就指出有兩種無意識，一種是處於深層的無意識，叫“被壓抑的無意識’；一種處於較淺的層面，較近意識，叫“前意識”或“潛伏的無意識”。把整個心理裝置分為無意識、前意識和意識，就是弗洛伊德的精神分析論。這種分析是觀點上面並外解剖學上的。
弗洛伊德認為無意識不像一個倉庫，僅是消極地貯存著凋謝了的記憶。無意識中的心理活動某種不愉快的經歷和不符合道德的觀點、慾望和動機有關。人們對這些慾望和動機，在意識上不能接受，不能忍受，不能承認，在一般情況下也不能意識它的存在。所以如此，是因為有一種力量把它們削除在意識之外。這個力量弗洛伊德稱為潛抑作用。潛抑作用是心理分析學說的基本概念之一。
弗洛伊德對童年回憶的解釋中還提出了“幼兒遺忘”“遮蔽性記憶”等理論，認為也是無意識理論的特徵。
弗洛伊德認為無意識心理活動最主要的內容的是來自幼年期的適應、慾望和動機，這此內容構成無意識的核心。無意識就是兒童的心理生活。其特點是慾望的滿足，情感的宣洩，並不考慮外界現實環境，不考慮道德原則，旦求宣洩和快樂。活動道德的是快樂原則，不受成人邏輯約束，不受時間、空間的限制。
（2）精神結構學說
精神結構論也叫人格結構論，是弗洛伊德晚期的理論貢獻。根據這個理論，人格結構包括原我、自我和超我三個階段。
原我(id)：是人格中最原始、原模糊而不易把握的部分，是生命體系中完全無目的的盲目的興奮，包括各種慾望和衝突，是一種完全沒有目的的能量儲備為，是來自本能尋求滿足的動力。原我不知善和惡，不懂道德和價值觀念，其活動受快樂原則支配，遵循衩級思考方式，不顧現實的限制性要求。弗洛伊德認為，新生兒的人格結構主要是原我。
自我(eg)：自我在原我的表面，處於前意識和無意識中間。在人格結構中代表理性和審慎。自我除了具有知覺、記憶、思考和動作等一般機能外，對外主要是感受現實，處理個體與現實之間的關係。自我從原我吸收力量，要實現原我的意向，但不要受現實原則的`支配。它必須判斷是事實還是虛幻，考慮是否符合實際並斟酌利害和後果，必要時，根據外界情況控制或推遲原我慾望的滿足。它具有控制和調節能力，與它的防禦機制相關。自我能力遵循高階思考方式，造成人的思考方式。
超自我(superego)：也稱理想自我，是人格中的監察批判機構，是一切道德準由的代表。主要作用是照個體所屬的社會道德觀念，鑑別是善是惡，作為自我行動的準則。它代表著理想和良心。
一個健康的人格，原我、自我和超我必然是均衡協調的。原我在於求自己的生存，求本能慾望的滿足，是必要的原動力。超自我在於監督控制和約束自己的行為，不能違反社會道德準則和良心，以保證正常的人際關係，維持正常的生活秩序。而自我則對上符合超自我的要求，對下吸取原我的力量，並處理調整原我的慾望，對外適應現實環境要求，對內保持心理平衡。而所有這些心理活動都是在無意識中進行的。
後來，弗洛伊德又發現，自我在原我和現實要求之間，逐漸發生並發展了一種機能。它可以在人和環境之中，用一定的方式，調整一下衝突雙方的關係，使超自我可以接受而不致引起嚴重的焦慮和痛苦，同時又可以使原我的慾望以及各種形式得以滿足。這就是自我防禦機制。其表現形式，公認的有：潛抑、否認、外投射、內投射、抵銷、分離、置換、退行、幻想、反向形成、合理化、轉化、代償、昇華等。