儒學發展到宋代，出現了兩個新的範疇，一是“氣”，一是“理”。張橫渠和發展了以前的元氣說，創立了一個以“氣”為基本面貌的儒學體系，指明“知太虛即氣，則無無”（《正蒙·太和篇》），宇宙是一個“氣”的宇宙，是“氣”的浮沉、升降而凝聚消散再凝聚再消散的無限迴圈往復的過程[1]；仁聖境界是一種以“天下一氣”為基礎的“民胞物與”[2]境界。二程則發展了以往有關“理”的思想資料，創立了一個以“理”為基本面貌的儒學體系，指明天下“無實於理者”，宇宙是一個“天理”流行而眾理紛呈的宇宙；仁聖境界是一種以“天下一理”為基礎的“以天地萬物為一體”的境界。這兩個體系既有相通之處，又有不同之點。但由於它們是兩個獨立的體系，所以其不同並不妨礙其相通。到朱子這裡，便要把這兩個獨立的體系同一起來，這符合儒學發展的要求，也是朱子畢生心血之所在。當然，最終朱子有沒有真的把它們同一起來，卻是出乎朱子預料的。
一、理、氣、心
朱子是一個誠明兩進的學者，在幾十年的學術生涯中，創立了一個龐大的體系。由於他學問精進不已，學術活動的時間跨度大，在一些重要問題上難免有許多前後不大一致的說法。陳來先生在《朱熹哲學研究》一書中，對朱子學術的發展程序作了細緻精到的分析，對那些不一致、有發展的地方進行過疏理。這裡我們就不再贅述，而只從總體特徵上分析他的。
朱子在李延平門下，沒能體認到喜怒哀樂未發以前的氣象究竟是什麼，沒有認識到喜怒哀樂未發之中，而延平又著力引導他去理會“分殊”，這就促使朱子走上了一條純思的知性學術道路。朱子繼承和發展了程伊川發揚的《易傳》“一陰一陽之謂道”“形而上者謂之道，形而下者謂之器”的思想，十分注重“形而上”“形而下”的區別。他認為，“形而上”是本，是體，“形而下”是末，是用；兩者是緊密相聯的，“形而上”就在“形而下”之中；但是又不能把它們混同起來，它們是不相離但又不相雜的，是兩個層次上的東西，一定要在思想意識中把它們分開。朱子把這種純思的分析，用於他的哲學體系，使他的哲學思想呈現出鮮明的絕對二分面貌。
朱子認為，宇宙是一個氣的世界，也是一個理的世界，理與氣密不可分地結在這個世界中。但是，理是形而上的東西，是道，是宇宙萬物之本；氣是形而下的東西，是器，是生成萬物的質料。它們之間有明顯的分際，不能把它們混淆起來。他說：“天地之間，有理有氣。理也者，形而上之道也，生物之本也。氣也者，形而下之器也，生物之具也。是以人物之生，必稟此理，然後有性；必稟此氣，然後有形。其性其形，雖不外乎一身，然其道器之間分際甚明，不可亂也。……此義理之原，學者不可不審。”（《晦庵先生朱文公文集·卷58·答黃道夫》）在一般情況下，理與氣是結合在一起的，“有是理，便有是氣”，“但有此氣，則理便在其中”，“天下未有無理之氣，亦未有無氣之理”（《朱子語類·1》）。但是在朱子看來，見理氣為一體，這只是表面現象，再深究下去，則應該看到，理貞定恆一，氣聚散非常，理是體，氣是用，理是本，氣是末，因而理在先氣在後。他說：“理未嘗離氣，然理形而上者，氣形而下者。自形而上下言，豈得無先後？”，“此本無先後可言。然必欲推其所從來，則須說先有是理”，“理與氣本無先後之可言，但推上去時，卻如理在先，氣在後相似”（同上）。有學生問他，這樣說來，是不是就可斷定先有理後有氣呢？他解釋說：“不肖如此說。而今知得他合下是先有理後有氣耶？後有理先有氣耶？皆不可得而推究。然以意度之，則疑此氣是依傍這理行。及此氣之聚，則理亦在焉。要之也先有理。只不可說是今日有是理，明日卻有是氣。也須有先後。且如山河大地都陷了，畢竟理卻只在這裡。”（同上）因此，朱子認為從本原上說，應該可以斷定“有是理後生是氣”，“未有天地之先，畢竟也只是先有此理，便有此天地。若無此理，便亦無天地，無人，無物”（同上），“若論本原，即有理然後有氣”（《文集·卷59·答趙致道書》）。從現實的實際事物的角度看，理與氣是緊密結合在一起的，是合二為一，結成一物；但從本原上看，在思維和邏輯中，它們則絕對是二種東西，可以離開氣去獨立考察理，決不能把它們相混同。他說：“所謂理與氣，此決是二物。但在物上看，則二物渾淪不可分開各在一處，然不害二物之各為一物也。若在理上看，則雖未有物，而已有物之理，然亦但有其理而已，未嘗實有是物也。大凡看此等處，須認得分明，又兼終始，方是不錯。”（《文集·卷46·答劉叔文》）在認識事物的時候，應當在思想中作“形而上”與“形而下”的區分，朱子指出這是“義理之原”，“不可不審”，這是正確的，揭示了哲學思維的特點。但他認定形而上的理是本，形而下的氣是末，理在氣先，並把這一觀念作為自己思想體系的基石，這便使他走上了一條與傳統儒學相反的學術道路。
“心”在以往的學者那裡，一般都有兩層意義，一是作為人之所以為人的標誌，即人的本性，常常稱之為“本心”、“良心”，有時也稱為“赤子之心”、“惻隱之心”或“仁”等；二是指腔子裡的心，即人的身體器官之一，思維器官。而到朱子這裡，則剔除了其第一層意義，僅僅是指思維器官。因為在朱子看來，人之所以為人的標誌，是性，是理，是所以然，是屬於形而上的東西，它是恆靜的，寂然不動的，是未發。而心則屬於氣，是形而下的，是具體的物體，它是恆動的，變化莫測，是已發。形而下的東西與形而上的東西是有本質區別的，不可能成為本體。所以在朱子的哲學中，“心”就只是思維器官，有時也有“思想”“意識”“動機”之意。這是朱子理氣觀念在人生界的貫徹。他說：“心者，氣之精爽者也”（《語類·5》），“心官至靈，藏往知來”（同上）。心既然是一種氣，那麼它就有昏明清濁之分，有的人的心，稟得清明之氣多；有的人的心，稟得昏濁之氣多。清明多的，就容易成聖；昏濁多的，就容易成愚。他說：“口耳目等，亦有昏明清濁之異。如易牙、師曠、離婁之徒，是其最清者也。心亦猶是而已。夷、惠之徒，便是未免於氣質之拘者。”（《文集·卷56·答朱飛卿》）在他看來，“心”就像一口容器，其中裝著性、理，即裝著人之所以為人者，它就像所有的具體事物一樣，是理與氣的統一體、合成物。所以，朱子說：“心以性為體。心將性做成餡子模樣”（《語類·5》），“性便是心之所有之理，心便是理之所會之地”（同上），“性是理，心是包含該載、敷施發用底”（同上），“心包萬理，萬理具於一心”（同上），“心者，人之神明，所以具眾理而應萬事者”（《四書章句集註·孟子集註·卷13》）。“心”雖然具萬理，但與“理”決是兩樣東西，就如同盆與水一樣，不能把盆中之水與盆等同起來。所以他堅決反對“心即理”之說。在他看來，主張“心即理”至少犯了三個錯誤：一是混同了形而上與形而下的區別；二是與佛教“明心見性”劃不清界限，佛教講即心是佛，你說即心是理，那麼佛不就等於理了嗎？三是既然認心即理，那就會導致任心而行，把私慾之心也當成天理。他說：“儒者之學，大要以窮理為先。蓋凡一物有一理，須先明此，然後心之所發，輕重長短，如能準則。若不於此先致其知，但見其所以為心者如此，識其所以為心者此，泛然而無所準則，則其所存所發，亦何自而中於理乎？且如釋氏‘擎臂豎佛’‘運水搬柴’之說，豈不見此心，豈不識此心？卒不可與入堯舜之道者，正為不見天理，而專認此心以為主宰，故不免流於自私耳”（《文集·卷30·答張敬夫》），“說心與理一，而不察乎氣稟物