“新三板”作為多層次資本市場的重要組成部分，除了具有資本市場對高新技術企業的一般意義外，對掛牌企業還具有特殊而深遠的意義，具體體現在以下7個方面：
1、提升企業的知名度和信譽度。
“新三板”市場的資訊公示機制和主辦報價券商及證券業協會的第三方監管制度，有利於擴大企業知名度、提升企業形象、增強潛在客戶對企業的瞭解和信任、降低資訊溝通成本。在“新三板”掛牌是一種有效和便捷的方式，把企業的資訊通過交易所和媒體對外公開，對高新技術企業的產品來說，也是免費宣傳的機會，在一定程度上可以起到廣告宣傳無法達到的效果。此外，在“新三板”掛牌的企業是進行了規範化股份制改造的企業，是被資本市場接受的企業，也是代表了相關專業機構的推薦意見的企業，其整體實力和發展前景是被市場看好的，這勢必會對企業的品牌影響力和生產經營活動帶來正面的影響。
2、發現企業的真實價值。
對於很多企業創始人、經營者或員工來說，企業的價值是個無法回答或準確估算的問題，在涉及股權作價交易時，買賣雙方對股權的評估往往差距巨大。通過在“新三板”掛牌上市，企業的部分股份得以流通，將在市場上形成公允的市場價格，這將有效地解決企業價值的評估問題，從而進一步提高企業整體股份的流動性。
3、提供有效融資渠道。
第一，對於高新技術中小企業來說，信用風險過高、缺乏合適的質押物以及規範的風險控制制度是其難以獲得銀行貸款的關鍵。“新三板”推出以後，由於國家對高新技術中小企業融資難問題的重視，部分商業銀行在為掛牌的企業融資時，已將貸款抵押的範圍擴大，除土地和房產外，企業還可將版權、智慧財產權、訂單等作為抵押物，這無疑降低了企業通過銀行貸款進行融資的難度。此外，由於“新三板”掛牌企業具有更為完善的內控體系、規範的風險控制制度以及持續的資訊披露制度，企業的運營更加透明化，因此大大降低了銀行將資金貸給企業的信用風險。
第二，高新技術企業在“新三板”掛牌後，其股票便具有了較好的流動性和定價機制，將會吸引一些風險投資基金及私募基金的`關注，大大增加該企業定向增發的價格空間。在“新三板”掛牌可降低企業的資訊溝通成本，且規範和透明的經營資訊可為定價提供公允基礎，便於企業進行一對多的接觸和談判，擴大投資者範圍，引入競價機制;另外，“新三板”市場的成交記錄為增發定價提供了向下的價格剛性，有助於提升溢價空間，增發價格可在公允價值和市場價格之間議定。
第三，通過在“新三板”掛牌，高新技術可以擺脫傳統的信貸模式，實現多項選擇，不同的融資方式還可以形成良性互動。除了上述提到的以定向增發的形式進行直接融資，高新技術企業藉助“新三板”的掛牌身份，也因信用等級的提升而為其它融資方式提供了便利。
4、增強股權激勵的吸引力。
對高新技術企業而言，人才是最重要的資源。僅靠高工資留住人才的做法一方面成本較高，另一方面也無法應對其他公司的股權誘惑。因此，企業有必要以股權激勵方式吸引和留住人才，而股權激勵吸引力的大小又取決於股權的流動性和定價。企業在“新三板”掛牌後，將極大地提高企業股票的流動性和價格預期，在這種情況下，股權、期權對於員工來說不再是沒有意義的數字，而是看得見的財富，這將使股權激勵對優秀人才具有更大的吸引力。
5、提高公司治理水平。
高新技術企業一旦準備在“新三板”掛牌上市，就必須在專業機構的指導下先進行股權改革，明晰公司的股權結構和高管職責;而在“新三板”掛牌後，企業還需要按照上市公司的基本要求進行持續資訊披露。這有助於企業熟悉資本市場，完善治理結構，提升規範運作水平，從而增強企業的發展後勁，為以後轉入創業板、中小企業板市場打下堅實的基礎。
6、有利於企業所有權與經營權的分離。
企業的規範化治理結構可以使企業所有權與經營權在第三方監管下便捷地進行分離，這樣企業創始人在經過早期的創業階段後，可以利用職業經理人來管理和運作公司，自己則專注於特長優勢上，如研究開發或市場行銷方面。這樣做可以使企業擺脫個人管理水平的限制，從而有效地實現社會分工與合作，促進企業高速成長與跨越式發展。
7、獲得地方政府的支援。
參與“新三板”掛牌的企業作為園區的優先發展企業，必然會更多地獲得地方政府政策上的支援，具體體現在資訊服務、辦事程式以及資金補貼等方面，這使企業在激烈的市場競爭中佔有先機，有助於企業更加快速與健康的發展。