廈門大學環境與生態學院於2011年3月30日成立，是在原海洋與環境學院的環境學科和生命科學學院的生態學科基礎上重新組建。學院下設環境科學、生態學、環境與生態工程、環境科學研究中心四個系(中心)。擁有環境科學與工程、生態學兩個一級學科博士點和博士後流動站，環境科學國家重點學科，生態學和環境工程省級重點學科。
本學科群擁有1個國家級科研平臺(和海洋與地球學院共建：近海海洋環境科學國家重點實驗室)，3個省部級科研平臺(濱海溼地生態系統教育部重點實驗室、福建省海陸介面生態環境重點實驗室、福建省濱海溼地保護與生態恢復工程技術研究中心)，以及1個校級多學科交叉研究平臺(海洋與海岸帶發展研究院)，並擁有國家環保部頒發的甲級環境影響評價證書。
學院瞄準全球變化和人類活動等多重壓力下近海-流域與溼地生態系統演變機制的重大科學前沿，同時針對國家與地方對近海-流域-溼地生態安全和防災減災的重大需求。本學科群(環境與生態學科)將以亞熱帶水域生態系統(流域-河口-近海)和濱海溼地生態系統為主要研究物件，主攻水域和溼地生態系統與環境演變過程與機理及其生態環境效應，建立生態系統水平的海陸統籌管理的理論體系，同時大力發展環境工程、生態工程和環境評價等相關應用類學科的發展。
2012年9月，學院即將搬遷至翔安校區，新校區內建有佔地面積為2萬平方米的環境與生態學院大樓，為學院的發展提供新的契機和更廣闊的空間。