一個完善的電子商務系統應該包括哪些部分，目前還沒有權威的論述，電子商務的系統結構如何。從我們的實踐來看，由於電子商務覆蓋的範圍十分廣泛，因此必須針對具體的應用才能描述清楚系統架構。從總體上來看，電子商務系統是三層框架結構，底層是網路平臺，是資訊傳送的載體和使用者接入的手段，它包括各種各樣的物理傳送平臺和傳送方式；中間是電子商務基礎平臺，包括CA（Certificate Authority）認證、支付閘道器（Payment Gateway）和客戶服務中心三個部分，其真正的核心是CA認證；而第三層就是各種各樣的電子商務應用系統，電子商務基礎平臺是各種電子商務應用系統的基礎。
由於電子商務是用電子方式和網路進行商務活動，通常參與各方是互不見面的，因此身份的確認與安全通訊變得非常重要，解決方案就是建立中立的、權威的、公正的電子商務認證中心--CA認證中心，它所承擔的角色類似於網路上的"公安局"和"工商局"，給個人、企事業單位和政府機構簽發數字證書--"網上身份證"，用來確認電子商務活動中各自的身份，並通過加解密方法實現網上安全的資訊交換與安全交易，計算機論文《電子商務的系統結構如何》。
但是，需要強調的是，由於國情的'特殊性，CA認證中心似乎需要政府的授權，但實際上，CA認證中心只是根據政府機構已簽發的身份、資質證明檔案進行稽核，而並沒有增加新的內容，實際上是一種更為安全的會員制，因此CA認證中心的商業運作性質要大過政府行為，除非以後真正由CA認證中心來發放電子身份證、電子營業執照等等。
支付閘道器的角色是資訊網與金融網的連線的中介，它承擔雙方的支付資訊轉換的工作，所解決的關鍵問題是讓傳統的封閉的金融網路能夠通過閘道器面向因特網的廣大使用者，提供安全方便的網上支付功能。
客戶服務中心也稱為呼叫中心，與傳統的呼叫中心的分別在於不但支援電話接入的方式，也能夠支援Web、E-mail、電話和傳真等多種接入方式，使得使用者的任何疑問都能很快地獲得響應與幫助。客戶服務中心不是以往每個企業獨立建設和運作的概念，而是統一建設再將席位出租，從而大大簡化和方便中小型企業進行電子商務，提供客戶諮詢和幫助。